Вскоре после этого Нострадамус получил тайное уведомление от самого епископа Аженского Жана Лотарингского о намерении инквизиции относительно него. Дело в том, что епископ был сторонником гугенотов и тайно сочувствовал им. Он-то и предупредил Мишеля, что из Тулузы в Ажен по поручению святой инквизиции направлен монах, чтобы разобраться с нечестивцем.
Нострадамус понимал, чем это грозит ему. Повсюду на городских площадях еще пылали костры инквизиции, на которых сжигали еретиков. И среди безбожников, погибших в огне, часто оказывались лучшие умы эпохи, ученые и поэты. Так что рассчитывать на авторитет и славу Нострадамус не мог.
Он это понимал. Тем более что за ним действительно имелись кое-какие богохульные высказывания, которые могли всплыть в ходе дознания. Так, например, однажды он побывал в мастерской одного ремесленника, когда тот изготовлял гипсовый слепок для бронзовой статуи Девы Марии. Мишель простодушно заметил, что в его руках она выглядит «безобразнее самого сатаны». Оскорбленный ремесленник решил отомстить и донес о словах Нострадамуса. Для обвинения в ереси этого было достаточно, и сколько бы Мишель ни убеждал, что имел в виду всего лишь посредственную работу ремесленника, ничто не помогло бы.
Был и еще один случай, который мог привлечь внимание бдительной инквизиции. Как-то плотник Питер Труа упал с крыши церковной ризницы и сильно разбился. Тело несчастного положили в церкви на дубовый стол, и священник, уверенный, что плотник скончался, соборовал его. В тот момент в церкви оказался Нострадамус. Он подошел к рыдающим родственникам, попросил их выйти и, плотно закрыв дверь за ними, остался наедине с покойником.
Каково же было их удивление, когда примерно через час Нострадамус вышел к ним, поддерживая плотника под руки. Молва разнесла весть — медик-астролог оживил мертвого. Это было под силу лишь одному Богу. А медик-астролог не иначе как колдун и чернокнижник.
От греха подальше Нострадамус предпочел застенкам инквизиции тайное бегство. Под покровом ночи он покинул Ажен. Начались его скитания, которые продлятся целых шесть лет. Где побывал он в эти годы, точных сведений нет. Странствовал, вид и-мо, по Европе, побывал в Базеле, Страсбурге и Кельне, встречался с известным врачом Парацель-сом, посетил знаменитый монастырь Орваль, был в Марселе, затем, возможно, морем отправился в Испанию, оттуда подался в Египет, Святую землю — Палестину, через Стамбул — в Грецию и Италию. Отсюда недалеко было и до родного Прованса.
Когда Нострадамус вернулся в Ажен, здесь опять бушевала чума. И снова Нострадамусу пришлось, засучив рукава, надеть кожаный фартук, прикрыть рот тряпкой, намоченной чесночным соком, и с присущей ему отвагой отправиться на помощь несчастным соотечественникам.