Два года спустя, в июле 1546 года, в Марсель прибыла делегация нотаблей города Экса уговаривать знаменитого врача отправиться в их несчастный город. Ведь только Нострадамус мог положить конец страшной эпидемии чумы, которая свирепствовала в Эксе уже шесть месяцев. Нотабли даже захватили богатые подарки, чтобы с их помощью добиться его согласия. Нострадамус наотрез отказался от подношений, заявив, что готов выполнить свой долг медика перед людьми.
Когда Нострадамус въехал в Экс, перед ним предстала страшная картина. Пустынные улицы, вымершие кварталы, заунывный звон колоколов, скрип телег с мертвецами. Иногда навстречу попадались медики, прибывшие из других городов, одетые в робу из красной кожи, с натянутыми на голову капюшонами с прорезями для глаз. Мишель знал, что под робой были надеты рубашки, пропитанные специальным ароматизированным раствором. Глаза защищали линзы очков. В ноздрях торчали ватные тампоны, а во рту перекатывались головки чеснока. В такой экипировке медики походили на странных существ, вышедших из преисподней.
Однако врачей было немного, кто-то умер, заразившись, а кто-то в страхе бежал. Иногда на глаза попадался зачумленный, у которого на лодыжках на кожаных ремешках висели колокольчики, извещающие прохожих о его приближении. Таким оставалось жить совсем немного. Здоровых на улицах не было.
Все они покинули город и скрылись в горах. Прекрасные особняки, как и жалкие лачуги бедняков, стояли пустые. Двери заколочены досками. Те из немногих жителей, кто по какой-либо причине не сумел покинуть город, забаррикадировались в своих домах. Но и там не считали себя в безопасности.
По сообщениям авторов печальных хроник, смерть, казалось, умела проникать даже через стены. Часто настигала людей, сидевших за столом с бокалом вина в руке. Других находили утром в постели, иные погибали от обильного кровотечения. Если чума поселялась в доме, то его жильцы выставляли перед дверью охапку сена или деревянный крест, что служило предостережением для прохожих. В те времена имело широкое хождение поверье, что можно заразиться чумой при приближении к очагу заболевания на расстояние пяти метров. Бывали случаи, когда люди кончали жизнь самоубийством, ошибочно полагая, что они перешли роковую границу.
Въехав в город, Нострадамус сразу оценил истинные масштабы эпидемии и был поражен. Отыскав способного аптекаря, он приступил к лечению, широко применяя испытанное средство — свои «розовые пилюли». Сотнями раздавал их больным.
Великая «эпидемия чумы» в Провансе длилась девять месяцев, но Нострадамусу вместе с коллегами удалось уберечь от смерти многих горожан. В январе 1547 года чума в Эксе была побеждена. В благодарность городские власти назначили избавителю пожизненное содержание.