С этого дня орден иезуитов получил официальное признание. Первым генералом ордена был единогласно избран, конечно, Игнатий Лойола. Это было в 1541 году. Путь подготовительных работ был пройден, давно лелеянная в мечтах организация, наконец, создана, теперь оставалось только действовать. Скоро мир стал свидетелем того, что может сделать небольшая, но энергичная, фанатически преданная идее, кучка людей. Разлагавшаяся католическая церковь неожиданно получила в лице иезуитов такую сильную поддержку, что смогла, несмотря на всю тяжесть положения, вынести удары, которыми награждали ее противники. Пятидесятилетний Лойола был неутомимым, его энергия, казалось, не знала предела. Он немедленно каждому из своих товарищей назначил место и круг деятельности. Так, Родигес был послан в Португалию, Ксавье в Индию, Бруэ и другие в Англию, Шотландию и Ирландию; Бобадилия и Лефевра в Германию, Кодюра и пятнадцать других членов во Францию, Лаинес и Сальмерон были отправлены в качестве папских легатов в Тридент на собор. Сам же Лойола остался в Риме, чтобы из центра католического мира руководить своей паствой. Началась энергичная деятельность во всех частях света.
На первых же шагах своей деятельности орден был обласкан папой и получил небывалые привилегии.
Новому ордену были отданы церкви «Делла Страта» и «св. Андрея». Возводились роскошные здания, как-то: «Розовый приют для девиц, целомудрию которых угрожает опасность», «Приют для падших женщин», «Сиротский дом для сирот обоего пола».
Скоро умер папа Павел III, и на престол вступил Юлий III, который так же, как и Павел покровительствовал ордену. Но когда на престол вступил недруг Лойолы, кардинал Караффа под именем Павла IV, то положение ордена сразу изменилось. Новый папа относился к ордену холодно. Эта перемена сильно подействовала на Лойолу, он стал хиреть и, наконец, 31 июля 1556 г. умер на руках своего секретаря, не назначив себе преемника.
Претендентами на звание генерала явились трое: Паланка, Бобадилья и Лайнес. Последний оказался энергичнее и хитрее других и был избран в генералы.
«Личность Лойолы производит странное впечатление на людей нашего времени: он принадлежит миру, идеи и чувства которого мы понимаем лишь с трудом. Мы не можем сочувствовать его узким религиозным верованиям, его дикому фанатизму; его фантастическому мистицизму и болезненной мечтательности, указывающим патологическое состояние его души; но тем не менее, изучая его жизнь и созданное им дело, мы невольно признаем его человеком необыкновенным. Одаренный железной волей, необыкновенным упорством в преследовании намеченной цели и невероятною выносливостью в страданиях, Лойола был смел до дерзости в своих предприятиях. Вера в его собственное призвание никогда не колебалась, душа его была чужда всяких сомнений в том деле, которому он служил. Рядом с пламенным воображением, с сентиментальной набожностью и сильной наклонностью к суеверию, в нем уживался проницательный ум и необыкновенная способность угадывать истинный характер людей». Так характеризует Лойолу один из историков ордена иезуитов Ж. Рубер. К этой характеристике следует только добавить, что несмотря на свой религиозный энтузиазм Лойола до конца остался боевым солдатом, каким он был в молодости, и эту черту характера перенес на свою организацию.