Два года он занимался. Трудно ему давалась наука, но все же благодаря необычайной энергии он подвигался вперед. В 1526 году Игнатий переселился в Алкалу и поступил в университет: он решил, что познаний его в латыни достаточно и что пора ему заняться философией и богословием.
Но занимаясь науками, он не упускал главной цели — борьбы с неверием. С этой целью он задумал устроить братство таких же, как и он, ревностных приверженцев церкви. Его пламенная проповедь имела успех, и около него стали собираться приверженцы. Это были три студента университета. Почти ежедневно можно было на улицах видеть людей, одетых в длинные, серые, из грубой материи, кафтаны, опоясанные веревкой. Они ходили босиком или в сандалиях, на голове носили шляпы конусообразной формы. Сначала было странно смотреть на этих людей, многие над ними смеялись. Но страстная проповедь скоро стала привлекать многих слушателей, среди которых стали появляться почитатели. В особенности сильное впечатление производили проповедники на женщин.
Две знатные дамы так были увлечены проповедями Лойолы, что решили раздать свое имущество, стать нищими и отправиться проповедывать. Их бегство из города всполошило власти, и в результате Игнатий Лойола оставил Алкалу и переселился в другой университетский город, в Саламанку. Но здесь он пробыл недолго и скоро перебрался в Париж.
Игнатию Лойоле было 37 лет, когда он явился в парижский университет, чтобы подвергнуться экзамену.
Но парижские профессора признали, что Лойола не имеет элементарных знаний для поступления в университет и отказали ему в приеме. Пришлось поступить в коллегию Монтэгю. Полтора года пробыл он здесь, а потом для изучения философии перешел в коллегию св. Варвары. После многих трудов он, наконец, в 1532 году добился звания бакалавра, а в следующем магистра.
Париж в то время был центром умственной жизни Западной Европы. Здесь более чем где-либо чувствовался тот подъем мысли, который характерен для эпохи реформации. Вера в старые догматы упала, пытливый ум не мирился с оковами, которые ему ставила католическая церковь. На почве новых исканий начинали складываться и новые верования. Лютер, Цвингли и другие представители новой жизни смело обличали папство и расшатывали старые устои.
И новая проповедь имела успех: ряды сторонников папства редели, и авторитету римского первосвященника наносились страшные удары. Мысль всякого искренне верующего католика не могла не прийти в смущение, и многие задумывались, что делать, чтобы предотвратить распад церкви.
Много думал над этим и бывший рыцарь. Болела его душа при виде, как растет число врагов католической церкви.