24 ноября 2008 года Магнитского арестовали. «Его держали в камерах, где на 14 заключённых приходилось всего 8 коек. Свет горел круглосуточно, чтобы лишить его сна. Его держали в камерах без отопления и стекол - это в декабре в Москве - и он чуть не замёрз до смерти. Его держали в камерах, где туалетом служила дыра в полу, из которой хлестали, пузырясь, нечистоты. Власти хотели, чтобы он отказался от своих показаний против полицейских и подписал ложное признание, что это он украл 230 млн. долларов».
Всё это известно из дневника, который Магнитский вел в СИЗО, а также из 450 жалоб, которые он подал. В результате его дело - самое хорошо подтвержденное документами дело о нарушении прав человека, поступившее из России за последние 25 лет (трудно представить, что в более ранние времена могли быть столь же документированные правдивые сообщения. – «СИ»).
Фонд Браудера обращался ко всем западным правительствам и общественным организациям. Многие писали президенту Медведеву и высокопоставленным российским чиновникам. И всё было напрасно.
Через полгода заключения у Магнитского резко ухудшилось здоровье. Врачи нашли панкреатит и камни в желчном пузыре, на 1 августа 2009 года была назначена хирургическая операция. Но за неделю до операции его перевели в Бутырскую тюрьму. Магнитский подал 20 ходатайств о лечении, но все игнорировались или отвергались. «Следователи вновь и вновь приходили к нему и говорили: чтобы выйти из этого положения, он должен всего лишь подписать ложное признание».
Магнитскому не давали свиданий с женой и матерью. За месяц до смерти, 14 октября 2009 года, Сергей дал показания, в которых изобличил своих палачей и повторил своё свидетельство о причастности полиции к хищению 230 млн. долларов у российского государства.
За 5 дней до смерти, 11 ноября, Магнитский подал в суд жалобу, где изобличалась фальсификация его дела полицией (формулировка Браудера). 13 ноября Магнитский почувствовал сильную боль и попросил оказать ему медицинскую помощь. Но врач посмотрел его лишь через три дня. Вместо того чтобы отправить его лечиться, его поместили в камеру изолятора, сковали наручниками и позволили 8 сотрудникам подразделения по подавлению беспорядков избивать его резиновыми дубинками пока он не умер.
Браудер сообщает, что друзьям и родственникам Магнитского удалось добыть доказательства преступления: «Подобно властям нацистской Германии, российские власти сохранили документы о том, как жестоко обошлись с ним в последний час его жизни». Но российские власти не дали делу ход. Напротив, «