В двадцатом веке британское владычество над Индией допускало гораздо большие возможности для конституционного национализма и выборной политики, чем голландская Ост-Индия. Партия конгресса была вынуждена мобилизовать массовую поддержку избирателей, чтобы вытеснить британцев из Индии, и это потребовало десятилетий полудемократической политики. Голландское правление было сброшено в войне за независимость. Эта воина пробудила национальную гордость и мифологию, не говоря уже об армии, твердо намеренной сохранить единство Индонезии. Однако ни война, ни предшествовавшая ей колониальная эпоха не подготовили почву для парламентской демократии. Острый конфликт идеологий, партий и интересов в начале 1960-х годов был решен установлением военной диктатуры и уничтожением 500 000 или больше граждан, большая часть из которых были коммунистами. Режим Сухарто впоследствии пытался сделать легитимным свое правление при помощи антикоммунизма, стабильности и огромного экономического скачка, который произошел в 1970-х и 1980-х годах. Но сильнейшая коррупция, экономический кризис и последовавшее вскоре падение Сухарто создали угрозу не только режиму, но и самому индонезийскому государству.
Тем не менее до 1999 года многие западные эксперты были убеждены в том, что поддержка сепаратизма в Индонезии распространена не так широко, как можно было ожидать по европейским выкладкам. Предполагая демократическую свободу выбора, они надеялись на большую вероятность отделения Восточного Тимора и реальную возможность того, что Ириан-Джайа последует тем же путем. Однако ни одна из этих провинций не является типичной для Индонезии, поскольку Восточный Тимор никогда не принадлежал голландской Ост-Индии и был приобретен только в 1975 году, в то время как голландское правление в Ириан-Джайа продолжалось до 1963 года. Несколько меньшая, но все равно реальная возможность отделения рассматривалась также в отношении султаната Ачех. «Кроме этих трех регионов, сепаратизм, кажется, не стоит на повестке дня. Узы индонезийского национализма, укоренившиеся в годы революции и борьбы за независимость, представляются вполне надежными, особенно когда речь идет об элите и постоянно увеличивающемся числе образованных граждан. Во многом этому способствует совместное обучение, распространение Bahasa Indonesia и вся индонезийская культура, чьи ценности этот язык выражает и формирует, а также расширяющаяся сеть разнообразных политико-экономических институтов».
Однако события 1999 года наложили отпечаток сомнения на эти оптимистические прогнозы и сделали возможным повторение Индонезией судьбы Советского Союза. Провал, хотя, может быть, и временный, попыток стратегии Сухарто модернизировать индонезийскую экономику и общество мог поставить вне закона не только режим и правящую клику, но и само индонезийское государство. Поскольку это государство до известной степени все еще обязано своим существованием армии, ослабление последней подвергает опасности саму государственность Индонезии. К огорчению индонезийских генералов, после окончания холодной войны международный климат стал менее дружелюбен по отношению к странам, которые поддерживают свое единство при помощи силы, особенно если эти страны просят Запад о финансовой поддержке. Сравнивая Индонезию с Советским Союзом, можно сказать с уверенностью, что в результате дезинтеграции Индонезии было бы пролито гораздо больше крови, чем при распаде Советского Союза.