После чтения на партийном собрании пьесу отправили в высшие инстанции — получать окончательное одобрение. Булгаков не сомневался в том, что на сей раз все устроится наилучшим образом. Утром 14 августа 1939 года Михаил Афанасьевич и Елена Сергеевна сели на пассажирский поезд Москва — Тбилиси. Они ехали в Батум для сбора дополнительного материала. Ехали вместе с постановочной бригадой МХАТа.
Через несколько часов постановочная бригада получила по телеграфу распоряжение вернуться в Москву. Соответствующее указание поступило из секретариата Сталина. Булгаковы сошли с поезда в Туле, откуда добрались до дома на случайно подвернувшейся машине. «В машине думали: на что мы едем? — писала Елена Сергеевна. — На полную неизвестность? Миша одной рукой закрывал глаза от солнца, а другой держался за меня и говорил: навстречу чему мы мчимся?.. Через три часа бешеной езды… были на квартире. Миша не позволил зажечь свет, горели свечи. Он ходил по квартире, потирал руки и говорил — покойником пахнет».
От нервного потрясения Булгаков тяжело заболел — прогрессировала болезнь почек.
«Вот и настал мой черед, — под диктовку мужа записывала Елена Сергеевна. — В середине этого месяца я тяжело заболел, у меня болезнь почек, осложнившаяся расстройством зрения. Я лежу, лишенный возможности читать и писать, и глядеть на свет… связывает меня с внешним миром только освещенное окошечко радиоаппарата, через которое ко мне приходит музыка». Это письмо было адресовано скрипачу Александру Гдешинскому, другу юности Булгакова. Ему же Михаил Афанасьевич признавался в последнем письме:
«Ну, вот, я и вернулся из санатория. Что же со мною? Если откровенно и по секрету тебе сказать, сосет меня мысль, что вернулся я умирать. Это меня не устраивает по одной причине: мучительно, канительно и пошло. Как известно, есть один приличный вид смерти — от огнестрельного оружия, но такового у меня, к сожалению, не имеется».
«Ты можешь достать у Евгения револьвер?» — спросил Булгаков у жены 1 февраля 1940 года.
Он умер у нее на руках 10 марта 1940 года, в Прощеное воскресенье. «После смерти лицо приняло спокойное и величественное выражение», — записала в дневнике Елена Сергеевна.
«Елену Сергеевну я хорошо знала, — писала актриса Фаина Раневская. — Она сделала все, чтобы современники поняли и оценили этого гениального писателя. Она мне однажды рассказывала, что Булгаков ночью плакал, говоря ей: „Почему меня не печатают, ведь я талантливый, Леночка“».
Роман «Мастер и Маргарита» был впервые напечатан в журнале «Москва» в 1966 году. Напечатан с купюрами, в сокращенном, так называемом «журнальном» варианте, но все же — напечатан. Случилось это благодаря Елене Сергеевне Булгаковой, которая более четверти века хранила рукопись романа и сделала все, что могла, для того, чтобы она была опубликована.