Южная Вавилония всегда, учитывая ее географическое положение, была подвержена набегам из Элама. В 546 г. до н. э. последовал очередной рейд эламитов. Вероятно, именно после этого Набонид действительно вернулся в Вавилонию, чтобы руководить обороной страны. Ситуация никоим образом не была отчаянной. Урук, главный город юга, оставался в руках Набонида. Сирия и запад никак не проявляли недовольство, и, если верить Геродоту, Египет оставался потенциальным союзником. Между тем, пока престарелый царь занимался давно запланированной реставрацией храма в Харране, Кир был занят пропагандистской работой на территории Вавилонской империи. Его позиция по отношению к Крезу, к которому он проявлял доброту и уважение, и к греческим святым местам в Малой Азии, которые он не стал разорять, снискала ему репутацию снисходительного и терпимого в религиозном плане человека. Это нашло отражение в Книге Исаии. Анонимный пророк, обычно называемый Девтеро-Исайей (Ис., 45 – 55), утверждает, что «так говорит Господь помазаннику своему Киру: Я держу тебя за правую руку, чтобы покорить тебе народы... Ради Иакова, раба Моего, и Израиля, избранного Моего, Я назвал тебя по имени и почтил, хотя ты и не знал Меня» (Ис., 45: 1, 4). Такая же пропаганда, должно быть, развернулась в Вавилоне и отражена в злобных сочинениях, написанных о Набониде после его падения. Далее приведен отрывок из такого текста (на основе книги С. Смита «Вавилонские исторические тексты»). К сожалению, текст изначально был сильно поврежден. О Набониде сказано, что
...он не добивался, чтобы от него исходило правосудие,
...он убивал слабых оружием,
...купцам он блокировал дорогу,
....................
....................
[В должное время новогоднего празднования] он посоветовал,
чтобы не было веселья,
...демон-шеду изменил его,
....................
...он создал не святилище,
....................
...он поставил [еретическую статую] на пьедестал,
...он назвал ее «бог Син»,
...формой Сина было затмение,
....................
....................
Он нарушал ритуалы и мешал церемониям,
Он произносил слова против установленного свыше порядка.
Кир в конце концов нанес удар через горы Курдистана и Луристана и довольно скоро овладел обширным регионом к востоку от Тигра. Отсюда он мог вести армию на Вавилонию. Кир форсировал Тигр в районе Опса и повел армию на Сиппар, который сдался. Затем был атакован Вавилон и тоже сдался. Геродот приписывает это военной хитрости персов, которые прорыли канал и отвели часть воды из Евфрата, что сделало реку проходимой вброд. Нет никаких оснований не соглашаться с Геродотом, но действительной причиной падения города была не слабость обороны, а присутствие внутри его «пятой колонны». Попытка Набонида подвергнуть сомнению главенствующее положение Мардука, несмотря на временное потепление в отношении к нему горожан, не погасила недовольство. Семена пропаганды Кира упали на благодатную почву в Вавилоне, и вавилоняне с радостью отдали свои пристрастия либерально настроенному персидскому царю. Он вошел в город, не позволив ни разрушать его, ни грабить, и, не задевая никаких религиозных институтов и гражданскую администрацию, просто назначил персидского губернатора. Младший сын Кира Камбис участвовал в новогоднем праздновании в Вавилоне, во время которого династия получила инвеституру от бога Мардука, и с тех пор осуществляла царскую власть над Вавилонией не только по праву завоевателя, но и по божественному соизволению.