По пути в Петропавловск «Надежда» по инструкции прошла район океана к юго-востоку от Японии и развеяла миф о якобы существовавших здесь землях. С Камчатки Крузенштерн повел корабль в Японию, чтобы доставить туда посланника Резанова. Жестокий тайфун застал моряков у восточных берегов Японии. «Надобно иметь дар стихотворца, чтобы живо описать ярость оного», — писал в дневнике Крузенштерн и с любовью отмечал мужество и бесстрашие матросов. В японском порту Нагасаки «Надежда» находилась более полугода, до середины апреля 1805 года. Миссия Резанова не была принята властями, которые придерживались архаичного закона, действовавшего с 1638 года и запрещавшего иностранцам посещать страну «доколе солнце освещает мир». Напротив, простые японцы в день отправления «Надежды», проявляя симпатии к русским, на сотнях лодок провожали корабль.
Возвращаясь на Камчатку, Крузенштерн провел корабль курсами, совершенно неизвестными европейцам, — вдоль западных берегов Страны восходящего солнца. Впервые было сделано научное описание острова Цусима и пролива, отделяющего его от Японии. Теперь эта часть Корейского пролива носит название прохода Крузенштерна. Далее мореплаватели сделали опись южной части Сахалина. Пересекая гряду Курильских островов проливом, ныне носящим имя Крузенштерна, «Надежда» едва не погибла на скалах. В Авачинскую губу вошли в начале июня, когда всюду виднелся плавучий лед и белели сплошные забереги.
В Петропавловске корабль покинул Николай Петрович Резанов. На одном из судов компании он отправился в Русскую Америку. Надо отдать должное этому деятельному человеку, много сделавшему для развития промыслов в водах российских владений. Резанов также причастен к выбору места для самого южного в Америке поселения россиян — форта Росс. Романтична и история помолвки Резанова с дочерью испанского губернатора Хосе Аргуэльо — Кончитой. В начале 1807 года он выехал в Россию, чтобы хлопотать о разрешении жениться на католичке. Но в марте 1807 года Николай Петрович внезапно скончался в Красноярске на пути в Петербург. Было ему 43 года. Его суженая в Новом Свете через год получила известие о смерти жениха и, исполняя обет верности, ушла в монастырь.
Оставшееся до встречи с «Невой» время Крузенштерн вновь посвятил обследованию Сахалина. Так уж случилось, что открытый еще в XVII веке Сахалин считался островом и никто в этом, кажется, не сомневался. Но французский мореплаватель Лаперуз, исследуя с юга Татарский пролив в экспедиции 1785—1788 годов, ошибочно посчитал Сахалин полуостровом. Позднее ошибку повторил англичанин Браутон. Крузенштерн решил проникнуть в пролив с севера. Но, послав на шлюпке лейтенанта Федора Ромберга, Крузенштерн раньше времени пушечным сигналом дал приказ шлюпке возвратиться к кораблю. Конечно, опасаясь за судьбу моряков в неизведанных местах, начальник экспедиции поторопился. Ромберг просто не успел достаточно далеко пройти на юг, чтобы обнаружить пролив. Уменьшающиеся глубины как будто подтверждали выводы предыдущих экспедиций. Это еще на какое-то время оттянуло открытие устья Амура и восстановление истины... Проделав свыше полутора тысяч верст маршрутной съемки с множеством астрономических определений, «Надежда» бросила якорь в Петропавловске. Отсюда корабль после погрузки мехов для продажи направился к месту встречи с «Невой».