В 1819 г. было организовано Московское общество сельского хозяйства. Несмотря на преклонный возраст (81 год), Андрей Тимофеевич принял довольно активное участие в деятельности журнала этого общества. За период с 1822 по 1830 г. было опубликовано 12 его статей, в том числе «Опыт над яблочными семенами», в которой наиболее четко изложены выводы о роли перекрестного опыления в наследственной изменчивости растений, и статья «О выгоднейшем расположении фруктовых дерев в садах плодовитых», где высказано предложение сажать яблони и другие плодовые деревья правильными продольными и поперечными рядами, что позволяет производить работы в саду с помощью конных орудий.
Регулярный образ жизни и постоянное пребывание на свежем воздухе позволили А. Т. Болотову хорошо сохранить свое здоровье. Будучи уже стариком, он принимал живое участие в семейных праздниках, а в танцах не уступал молодежи.
До конца своей жизни Болотов сохранил подвижность, прекрасную память и неутомимую любознательность. Даже ослепнув на один глаз, он не бросил своих занятий и продолжал читать и писать. И лишь после окончательной потери зрения ему пришлось перестроиться: чтение он заменил слушанием, а писал кто-либо другой, под его диктовку.
Незадолго до смерти на Болотова обрушилось новое несчастье: стала все более и более усиливаться глухота. Если слепоту он переносил как-то терпеливо, то от глухоты очень страдал, так как она лишала его последней возможности активного общения с внешним миром, которым он так горячо интересовался всю свою жизнь. Особенно печалился Болотов, когда к нему приезжали гости и он не мог из-за глухоты принять участие в разговорах, узнать последние новости.
Слепота и глухота лишили Андрея Тимофеевича возможности самостоятельно бывать в саду. Но тяга его к природе была так велика, что родные частенько вывозили ученого в сад на тележке. По словам внука, участника этих прогулок, трудно было передать радость старика, несмотря на то, что тот мог только внутренне переживать свое пребывание в саду.
3 октября 1833 года А. Т. Болотов тихо скончался в своем рабочем кабинете, а 7 октября, в день его рождения, состоялись похороны. Захоронили его на русятинском кладбище, на месте еще в 1792 г. выбранном им для своей могилы, где уже покоился прах его тещи, умершей в 1814 г. Всего на один год пережила Андрея Тимофеевича его жена - Александра Михайловна. Три памятника и сейчас стоят рядом на кладбище в Русятино.
Потомки еще долго хранили в своей памяти имя этого замечательного человека, В 1838 г, в день 100-летия со дня рождения Болотова Вольное экономическое общество провело специальное юбилейное собрание. А в зале, где оно происходило, была организована выставка многочисленных работ Андрея Тимофеевича.