Важной составной частью навоза Болотов считал мочу животных, так как в ней содержатся питательные для растений соли. Поэтому он подчеркивал, что содержание скота должно быть таким, чтобы моча не терялась. Лучше всего, по мнению Андрея Тимофеевича, устраивать жижестоки и жижеприемники. Если условия позволяют, хорошо держать скот, не убирая навоза, а лишь регулярно добавляя новую подстилку. Ученый отмечал, что при таком способе содержания животные все время будут находиться на теплом ложе, а хозяйство получит навоз самого высокого качества.
Значительная часть работы «Об удобрении земель» отведена употреблению навоза. В ней Болотов упрекал земледельцев в том, что, испытывая недостаток этого удобрения, они тем не менее совершенно неправильно используют его, варварски разбазаривая последние крохи. В то время самым распространенным способом была летняя вывозка навоза, который разбрасывался крайне неравномерно, мелкими кучками и лежал под солнцем, а иногда и под дождями недели две-три, а то и дольше. Удобрение высыхало, развеивалось ветром и, конечно, теряло свои качества.
Болотов предлагал свой способ использования навоза. В отличие от существовавшей практики, у него в имении вывозили навоз на уже вспаханное и предварительно размаркированное поле, в равных количествах на каждую клетку. Удобрение тут же разбрасывали и немедленно запахивали. Равномерное распределение и быстрая заделка в рыхлую почву обеспечивали хорошие результаты.
Не оставил без внимания Андрей Тимофеевич и вопрос рационального использования удобренных полей. Зная, что действие навоза не ограничивается одной культурой, а продолжается несколько лет, он проследил, как отзываются разные растения на посев по свежему навозу и в последующие годы. Вывод его был таков: лучше всего по свежему навозу сеять озимую рожь, так как она не боится избытков навоза.
Ученый писал: «Ибо как бы много земля навозом не увалена была, но редко в здешних местах случается, чтобы она не устояла и повалилась, как то с другими хлебами случается, буде они на свежем навозе посеются».
Озимая пшеница в опытах Болотова оказалась более капризной и по свежему навозному удобрению сильно полегала, что приводило к резкому снижению урожая.
В поисках путей предохранения этой культуры от полегания Болотов испытал много приемов. Лучшим из них оказался посев ее на второй год после внесения навоза. Но трехпольная система земледелия такой возможности не предоставляла, а перейти на четырехполье не позволяло чересполосное владение землей. В конце концов Болотов остановился на том, что стал вносить навоз под пшеницу не летом, как делали обычно, а осенью предыдущего года, после уборки ярового хлеба. О результатах этого опыта он сообщал: «Посеянная на сем месте пшеница не только нимало не полеглась, но и родилась гораздо лучше прочей и имела такой умолот, какой в здешних местах не слыхан, ибо вымолачивали более четверти из копны, и родилась она сама-пятьнадцата». Если принять что сеяли 2-3 ц/га (условно), то и по современным меркам урожай был неплохим - 30-45 ц/га.