Через несколько минут после третьего, самого сильного толчка, песок снова стал твердым, а на поверхности земли остались торчать куски стен и головы несчастных жителей Порт-Ройала, которые не смогли выбраться из зыбучего песка. Как писал позднее преподобный отец Эммануэль Нит, «эти головы потом служили пищей бродячим собакам». Другой очевидец в одном из писем свидетельствовал: «Люди были схвачены в объятия Земли и задушены ею. Их так и хоронили – с головами над поверхностью, а некоторые были объедены собаками. Долгие годы потом эти места все старались обходить стороной».
Те, кто пережил катастрофу, стали восстанавливать уцелевшие дома и отстраивать город заново на том же месте. Однако через десять лет после того страшного землетрясения в Порт-Ройале произошел сильный пожар, который полностью уничтожил все, что было восстановлено. Вслед за этим пронеслось несколько мощнейших ураганов, и остатки «пиратского оазиса» были занесены толстым слоем ила и песка. Еще в 1859 году любопытствующие могли видеть на месте погибшего города остатки нескольких домов, стены которых на один-два метра торчали из прибрежного песка. Но затем еще одно сильное землетрясение, произошедшее здесь в 1907 году, спрятало от людских глаз и эти немые свидетельства катастрофы.
С тех пор многие искатели приключений и легкой наживы пытались откопать сокровища Порт-Ройала, погребенные на морском дне. Хроника трагедии на Карибах, дошедшая в многочисленных описаниях до наших дней, давала надежду, что застигнутые врасплох обитатели пиратской столицы попросту не имели возможности перенести свои сокровища в безопасное место. Золотоискателям грезились огромные сундуки с награбленными ценностями, которые должны были уцелеть в разрушенных домах, скрытых под толщей песка и воды. Ныряльщики, обследовавшие в XIX и XX веках акваторию Кингстон-Харбор, подтверждали наличие под водой старинных развалин.
Первую экспедицию к берегам Ямайки на специально оснащенном для подводной археологии судне «Си Дайвер» осуществил в 1953 году Эдвин А. Линк. Продолжительная работа грунтососа долго не давала ожидаемых результатов. Исследователь был разочарован, но решил попытать счастья еще раз. Передвинув заборный шланг всего на несколько метров в сторону, он сразу наткнулся на то, что искал. Самой уникальной находкой был подъем золотых часов, изготовленных в 1686 году амстердамским мастером Полем Блонделем, стрелки которых зафиксировали время катастрофы – без 17 минут полдень. Однако незначительные средства, полученные Линком от Национального географического общества США, позволили ему обследовать только кухню и магазин в форте погибшего Порт-Ройала. Затем он с сожалением расстался с «пиратским Вавилоном». Следующая экспедиция была осуществлена американским ученым Робертом Марксом, который оказался удачливее своего предшественника. Маркс нашел таверну, два сохранившихся здания и… сундук с драгоценностями с испанского галеона, потерпевшего крушение в составе флотилии в 1691 году.