Во-вторых, комиссия обнаружила, что воспламенительные шашки черного пороха хранились вместе с полузарядами и к тому же вместе с пороховыми зарядами, которые уже вводились в разогретый ствол, но так и не были отстреляны. Картина складывалась удручающая. Создавалось такое впечатление, что о понятии «техника безопасности» на флоте не имели никакого представления. Конечно, это вызвало резкие возражения от высокопоставленных морских чинов, но комиссия, химики и пиротехники были непоколебимы. Например, изобретатель милинита (тринитрофенол, или пикриновая кислота) Тюрпен еще после взрыва броненосца «Йены» предупредил морского министра, что причиной стал старый, имеющий тенденции к саморазложению порох «В». Он предупреждал, что хранить огромные запасы на военных кораблях слишком опасно. Тогда большинство военных чиновников отнеслись к этому заявлению, как к саморекламе, потому что именно Тюрпен предложил новый порох, более стойкий и надежный в хранении. Но химик оказался прав. К тому же комиссия пришла к неутешительным выводам в вопросе соблюдения температурного режима хранения пороха на «Либерте». Оказывается, с 1 по 15 июня температура в погребах поднималась до +30 °C, а во время маневров 4-16 августа шесть гильз с зарядами для 194-миллиметровых орудий согласно приказу находились рядом с ними, то есть в непосредственной близости от кочегарок. Затем эти снаряды были помещены в носовой погреб.
Выводы были сделаны: причиной катастрофы стало несоблюдение элементарных правил хранения. Вначале самовозгорание пороха произошло в предварительно разогретой гильзе снаряда, от чего порох загорелся в соседних гильзах. Первые детонации были слабыми (три первых взрыва), но от начавшегося пожара сдетонировал весь боезапас, разнесший броненосец на части. Впечатления от трагедии настолько потрясли всю эскадру, что морякам постоянно чудились взрывы и запах гари. Теперь мельчайшее подозрение на возгорание заканчивалось затоплением (то есть полным уничтожением) запасов пороха. И одновременно выяснилось, что те несчастные моряки с «Либерте», которые пытались предотвратить пожар на нижних палубах путем затопления стаканов, были заранее обречены на смерть. Эти системы на броненосцах, да и на многих других французских кораблях, были практически не приспособлены для быстрого действия. Для затопления некоторых погребов, как показали учения, требовалось открыть вручную десяток клапанов, провернув при этом маховик 15–20 раз. К тому же эксперты пришли к выводу, что даже если бы в этом аду морякам и удалось это каким-то чудом сделать, то вода все равно не потекла бы по стаканам в закрытое помещение, наполненное газом высокого давления. Так что спасти «Либерте» было просто невозможно…