Тем временем в Челябинской области приступили к широкомасштабным дезактивационным мероприятиям. На месте аварии были приняты жесточайшие меры по соблюдению режима секретности. Все обстоятельства катастрофы и принимаемые меры по ликвидации ее последствий были отнесены к разряду государственной тайны. Реальные результаты дозиметрического контроля «во избежание панических настроений» скрывали даже от специалистов, продолжавших трудиться на объектах Челябинска-40. Их доставляли к месту работы специальным транспортом, переодевали, мыли, постоянно проводили замеры уровня радиации в квартирах, рекомендовали сжигать «фонившие» личные вещи. Но если обитатели секретного города догадывались о масштабах катастрофы, то жители близлежащих деревень даже не понимали, почему они должны оставлять насиженные места и уничтожать домашних животных.
По всей территории, где могло осесть радиоактивное облако, действовали специальные команды военных и сотрудников КГБ. Один из участников этой секретной операции, С. Ф. Осотин, вспоминал: «Вместе с другими дозиметристами мы проводили эвакуацию из села Бердяниш. Людей отмывали, определяли загрязненность скота, вещей, жителей. Село Бердяниш, как и села Салтыково, Галикаево, подверглось наибольшему загрязнению. Жителей этих населенных пунктов необходимо было эвакуировать немедленно. Однако эвакуация проводилась только через 7-10 дней…» Местное население двадцати трех «загрязненных» деревень (более 10 тыс. человек) было подвергнуто переселению в принудительном порядке без объяснения причин. Людям выдали денежную компенсацию за оставленное имущество и уничтоженный скот и вывезли в неизвестном направлении.
Уже через неделю после катастрофы в челябинские газеты стали приходить письма от жителей области, в которых наблюдательные граждане сообщали о небывалом для этих мест природном явлении – северном сиянии. Для объяснения феномена властям пришлось привлекать ученых, которые напустили туману и выдвинули несколько наукообразных теорий. Спустя год слухи о «каком-то урановом происшествии» в СССР достигли Запада. Первую догадку по этому поводу высказали датские журналисты, и только в 1979 году в Нью-Йорке вышла книга Жореса Медведева «Ядерная катастрофа на Урале», с подробным описанием случившегося. Однако для того чтобы официально признать факт техногенной аварии, Советскому Союзу понадобилось еще 10 лет. Летом 1989 года на пресс-конференции в Челябинске первый замминистра атомной энергетики Б. В. Никипелов сделал заявление о радиационной аварии на территории Производственного объединения «Маяк».