Вследствие сотрясений в океане образовалась огромная волна высотой в 17 метров. Она хлынула на побережье и в мгновение ока смела мосты, тяжелогруженые трехмачтовые корабли, уцелевшие здания, превратив все это в горы мусора. Волна докатилась до центральных улиц Лиссабона. Из двадцати тысяч домов города уцелело только 3 тысячи, которые затем уничтожил пожар, начавшийся от упавших свеч и канделябров. В одночасье красивейшая столица Европы перестала существовать. Очевидец событий писал: «Первую ночь мы провели в поле под открытым небом, лишенные самого необходимого. Сам Его Величество король принужден был жить среди поля, и это подбодряло нас, облегчая страдания…»
В общей сложности, 1 ноября 1755 года столицу Португалии трясло около пятисот раз. Сила толчков оценивается учеными в 7–8 баллов по шкале Рихтера и в 9-10 баллов по шкале MSK. Волна землетрясения докатилась до Европы и Северной Африки. Подземные толчки, а также вызванные ими цунами были зафиксированы в Марокко, где от этого пострадало почти 10 тыс. человек. В Люксембурге в разрушившихся от землетрясения казармах погибло около 500 солдат. В Скандинавии вышли из берегов реки. В английском графстве Дербишер, отстоящем от эпицентра почти на 1,5 тыс. км, со стен осыпалась штукатурка, а в земле образовалась расселина. Мощные подземные толчки ощущались в Испании, Франции, Швейцарии, Голландии. Многим людям на Земле показалось, что исполнились пророчества Апокалипсиса и наступил «конец света».
Кроме 70 тыс. человеческих жизней Лиссабон потерял в этой катастрофе 200 полотен Рубенса, Корреджо и Тициана, бесценную королевскую библиотеку, включавшую в себя 18 тыс. томов книг. Среди них была «История», написанная собственноручно Карлом V, а также карты мира, которые на протяжении веков составляли португальские моряки, и особенно ценные инкунабулы – книги, напечатанные еще до 1500 года. В огне пожаров погибли просветительские манускрипты, хранившиеся в стенах доминиканского монастыря.
Едва оправившись от потрясения, городские власти начали поиск виновников случившегося. Король Португалии Дон Жозе приказал соорудить виселицы и публично повесить сотни заключенных, сбежавших из тюрьмы во время землетрясения. Священная инквизиция занялась выявлением еретиков. Были схвачены несколько протестантских священнослужителей, которых силой заставили принять крещение в наказание за греховную провокацию «Божьего гнева». К счастью, во всей этой истерии возобладал здравый смысл и ум государственного секретаря маркиза де Помбаля. Когда король попросил его внести предложения по плану восстановления города, маркиз произнес слова, вошедшие в историю: «Сеньор, мы должны похоронить мертвых и накормить живых».