Дело в том, что Изабелла была сестрой правившего в то время короля Кастилии Энрике IV. У того была дочь, в чистоте крови которой сомневалась вся страна. Под этим предлогом духовенство, не любившее Энрике, настаивало на том, чтобы наследницей престола стала Изабелла, а король всячески препятствовал этому. В борьбе претендентов на престол горячее участие принял и Торквемада, уверенный в своем влиянии на королеву и надеявшийся с ее помощью реализовать свои идеи. Ведь Энрике, к которому он не раз обращался, оставался глух к его предложениям.
Именно Торквемада убедил Изабеллу отказаться от брака с королем Португалии и предпочесть арагонского принца Фердинанда. 19 декабря 1469 г. принц и принцесса сочетались тайным браком в Вальядолиде. На венчании присутствовал и Торквемада. Энрике отобрал у сестры престол, но после его смерти в 1475 г. знать отдала предпочтение Изабелле и та стала королевой Кастилии и Леона. Фердинанд же к тому времени тоже стал королем Арагона. В результате оба королевства объединились и составили единую Испанию.
Королевская семья находилась под сильным влиянием духовника королевы. Недаром Торквемаду часто называли «монархом королей». Он сумел убедить королевскую чету в том, что в стране процветает и усиливается испорченность нравов, престиж церкви падает, а на христиан отрицательно влияет соседство с евреями и маврами. Торквемада предложил план борьбы с этими явлениями, используя инквизицию.
В 1483 г. Торквемада был назначен Великим инквизитором Испании. Он сам разработал структуру органов инквизиции, составил ее кодекс, создал процедуру инквизиционного суда и ввел в массовую практику аутодафе – публичное оглашение приговора инквизиции с последующим сожжением жертвы.
Детищем Торквемады стал особый трибунал – Супрема, название которого было произведено от латинского слова «supremus» – наивысший. Он представлял собой совет из духовных и светских людей, деливших власть с Великим инквизитором – главой испанской инквизиции. В ведении членов Супремы находились отдельные трибуналы во всех регионах страны, которые вели расследования и выносили приговоры. С помощью Супремы Торквемада развязал кровавый террор в стране. Уникальная система преследований и уничтожения инакомыслия, а в конечном итоге собственных сограждан, не имеет аналогов в истории. Ересью считалось все: свободная мысль, занятая поисками смысла жизни, научные изыскания, наследие античных времен.
Щупальца Супремы охватывали всю страну, а ее слаженные и целенаправленные действия были результатом мысли, слова и дела жестокого фанатика.