В том же 1492 г., ставшем роковым для испанских евреев, был взят последний оплот арабов на Пиренейском полуострове – Гранада. Торквемада, вместе с Фердинандом и Изабеллой, находился при испанском войске. Он не хотел выпускать монархов из поля зрения, чтобы те, не дай бог, не проявили излишней мягкости к побежденным мусульманам.
Великий инквизитор пытался выступать в качестве не только духовного, но также политического и идеологического руководителя страны. Вполне сознательно народу внушалось его превосходство над остальными европейцами. Строились планы завоевания Европы, а затем всего мира. Предполагалось уничтожение новой, ренессансной европейской философии и писателей-гуманистов, а в конечном итоге – всякого инакомыслия.
Особую ненависть Торквемады вызывали книги. Он велел уничтожать их, даже не подвергая рассмотрению. По его приказу была уничтожена даже библиотека принца Генриха Арагонского, который вынужден был безропотно подчиниться.
Действия Торквемады вызвали острую критику даже в Ватикане. Видимо, князья церкви, сами погрязшие в грехах, опасались, как бы на их страны не распространились порядки, введенные Великим инквизитором. Папа Александр VI, прославившийся развратом и мздоимством, даже намеревался низложить Великого инквизитора, но не захотел ссориться с Фердинандом и Изабеллой. Вместо этого он, под видом заботы о пошатнувшемся здоровье Торквемады, назначил ему в помощники четырех епископов в качестве генерал-инквизиторов с правом участвовать в трибуналах. Таким образом папа стремился сдерживать чересчур ретивого инквизитора. Это, однако, ничуть не умалило его жестокости и фанатизма.
Вся Испания ненавидела Торквемаду. Он знал об этом и боялся покушения, поэтому всегда ездил в сопровождении 50 конных офицеров и 200 пеших воинов. Ночью его дорогу освещали, чтобы никакой злоумышленник не смог подобраться к Великому инквизитору под покровом темноты. А дома Торквемада постоянно держал при себе рог единорога, которому в средние века приписывали свойство противоядия.
К концу 1494 г. слабое здоровье заставило Торквемаду отказаться от личного участия в судах инквизиции, хотя он продолжал руководить ею из монастыря в Авиле. Там он и умер 16 сентября 1498 г.
Результаты безраздельного правления Великого инквизитора, добившегося огромной политической власти в Испании, были чудовищны. На основе документов, сохранившихся до наших дней, установлено, что в десятилетний период правления Торквемады было сожжено живыми свыше 16 тысяч человек, символическому сожжению подверглись почти 7 тысяч человек, брошены в темницу 100 тысяч человек. Число погибших во время великого переселения мавров и евреев остается неизвестным. Всего же в Испании того времени проживало около 8 млн человек.