На месте прежде веселого жизнерадостного города возникло теократическое государство, где граждане имели только два права – молиться и работать. Ослушникам грозила смертная казнь – даже за супружескую измену или пощечину, данную младшим старшему. Во время допросов широко практиковались пытки. Детей заставляли свидетельствовать против родителей. В городе действовала целая армия шпионов и доносчиков. Примечательно, что Кальвин, очень довольный результатами своего труда, и сам не гнушался доносить на сограждан в консисторию. Тюремному заключению подвергались извозчики, обругавшие собственную лошадь. Известен случай, когда в тюрьму попали три кожевника, осмелившиеся съесть за завтраком 3 дюжины пирожков.
Жесткие порядки в городе не могли не вызывать противодействия. К 1547 г. в Женеве появилась сильная оппозиционная партия «перринистов», стремившаяся к сокращению личного влияния Кальвина. Пасторов стали публично оскорблять на улицах, демонстративно нарушались всякие запреты. Доклады и жалобы самого Кальвина часто оставляли без последствий. В 1553 г. перринисты получили перевес в органах городского управления, и возможно, «женевскому папе» пришлось бы туго, но тут помог случай.
В Женеву прибыл испанский философ, богослов и ученый Мигель Сервет, которому человечество обязано открытием системы кровообращения. Как-то он выпустил в свет богословский труд, опровергавший основные положения кальвинизма. По доносу «женевского папы» ему пришлось бежать из Франции в Италию. По дороге он решил навестить Женеву, чтобы послушать своего оппонента. Сервет не предполагал, как далеко может зайти Кальвин в своей ненависти. Задолго до этих событий тот заявил, показывая на портрет испанца: «Если этот человек когда-либо появится в Женеве, он отсюда живым не уйдет». Кроме того, Кальвин решил использовать прибытие Сервета в политических целях и объявил, что ученый прибыл в город, чтобы возмущать народ против священной частной собственности. Сервет был схвачен, и, несмотря на протесты из реформистского лагеря Европы, обвинявшего Кальвина в непозволительной жестокости, ученого сожгли. Он стал первым в ряду многочисленных жертв протестантов, которые со временем научились сжигать инакомыслящих с таким же рвением, как и католики. Стоит заметить, что на счету самого Кальвина числится 50 жертв, сожженных в течение четырех последних лет его правления.
Эти события, как и предполагал Кальвин, заставили многих оппозиционеров возвратиться под его крыло. И когда перринисты взбунтовались, то в ночной схватке потерпели поражение. Разгром оппозиции завершился крайне пристрастным политическим процессом, стоившим жизни самым непримиримым противникам «женевского папы» и изгнания оставшимся в живых.