С началом гражданской войны Троцкий возглавил военные силы. Он создает регулярную Красную Армию, привлекает туда «военспецов» – бывших царских офицеров, семьи которых становятся заложниками большевиков, внедряет жесткую дисциплину. При «военспецах», контролируя их действия, появляются политические комиссары.
29 мая 1918 г. Сталина назначили руководителем продовольственной комиссии на юге России. Он едет в Царицын в сопровождении машинистки Надежды Аллилуевой, ставшей после поездки его женой. На юге царит хаос – здесь и немцы, и много эсеров, анархистов и монархистов. Но здесь много хлеба и нужен революционный порядок. Порядок Сталин начал наводить с расстрелов. Трупы сваливали в мешки и ночью хоронили. Здесь, в Царицыне, произошло знакомство Сталина с Ворошиловым, командиром 10-й армии, ставшим его соратником. Сталин теперь не хочет сотрудничать с Троцким, он требует для себя военных полномочий и вместе с Ворошиловым организует наступление, закончившееся провалом. Однако это сошло ему с рук, и когда будет создан Ревком Северного Кавказа, то во главе его станет Сталин. Он очень нужен Ленину как противовес Троцкому.
После покушения на Ленина в стране развернулся массовый красный террор. Не отстает и Сталин: по его приказу 22 августа в Царицыне были расстреляны «военспецы», привлеченные Троцким. Баржу с их телами затопили в Волге. Кроме того, Сталин решительно отказывался подчиняться командующему фронтом бывшему генералу Сытину. И терпение Троцкого лопнуло: он потребовал у Ленина немедленно отозвать Сталина с фронта. На этом настаивал и главком Вацетис. Ленин вынужден был согласиться. Когда Сталин вернулся в Москву, Троцкий отказался с ним общаться. Тогда по совету Ленина, желавшего в данной ситуации их примирить, Сталин в «Правде» напечатал хвалебную статью о Троцком. Такого унижения он ни забыть, ни простить не мог.
С 1919 г. начался настоящий взлет Сталина на политический Олимп. Когда в Сибири стал наступать Колчак и деморализованные части Красной Армии откатывались назад, для восстановления положения Ленин отправил на Урал Сталина. «Я думаю послать туда Сталина, – писал вождь. – Боюсь, что Смилга будет мягок». В кратчайший срок беспощадными расстрелами Сталин восстановил боеспособность армии. Во время наступления генерала Юденича на Петроград – он там. Опять последовали расстрелы заложников: офицеров, священников, аристократов. С помощью кораблей Балтийского флота подавлены мятежи двух фортов под городом. Сталин телеграфирует Ленину: «Быстрое взятие Красной Горки объясняется самым грубым вмешательством со стороны моей… в оперативные дела, доходившим до отмены приказов и навязывания собственных. Считаю своим долгом заявить, что я впредь буду действовать таким образом». Петроград отстояли. Затем был Южный фронт и борьба с Деникиным.