После этих кровавых событий Трухильо считал возможным для себя вмешиваться во внутренние дела Гаити. В 1941 г. на деньги доминиканского диктатора и при его помощи президентом Гаити стал его давний знакомый Эли Леско, бывший министр внутренних дел и тогдашний посол Гаити в США. Однако к 1944 г. их отношения резко испортились. Два президента-соседа превратились в смертельных врагов. Дело даже дошло до того, что Трухильо попытался организовать убийство Леско, а когда это не получилось, опубликовал свою переписку с ним, из которой следовало, что гаитянский президент действительно годами находился на содержании президента Доминиканской республики. В это время Трухильо, избранный в 1942 г. при «единодушной» поддержке избирателей, вторично занимал пост президента. Жестокость диктатора распространялась не только на иностранных рабочих, но и на свой народ. В 1946 г. прошла забастовка сельскохозяйственных рабочих на плантации «Ла-Романья». Все ее участники были арестованы. Однако до суда никто из них не дожил. Через несколько дней после ареста власти объявили, что организаторы забастовки покончили собой с целью избежать суда.
Ничем не прикрытая жестокость Рафаэля Трухильо вызывала недовольство в стране, и в 1952 г. он передал президентский пост родному брату Эктору. Хозяином же страны на самом деле оставался Рафаэль Леонидас, сохранивший за собой пост главы вооруженных сил. Террор по-прежнему продолжал свирепствовать. Любое инакомыслие оканчивалось кровавой расправой, политические противники диктатора исчезали бесследно. В марте 1956 г. в Нью-Йорке исчез преподаватель Колумбийского университета Галиндес, который в своей диссертации на 750 страницах дал описание преступлений Трухильо. А через 9 месяцев в самой Доминиканской республике исчез американский летчик Джеральд Мерфи. Только после смерти диктатора под давлением семьи Мерфи была выяснена взаимосвязь этих событий и участие Джеральда Мерфи в вывозе Галиндеса на самолете с территории США в Доминиканскую республику. 25 ноября 1961 г. по ранее отданному приказу Трухильо были зверски убиты три политические активистки – сестры Мирабал. Этот день – 25 ноября – Ассамблея ООН впоследствии (1981 г.) объявила международным днем борьбы за ликвидацию насилия в отношении женщин.
Но ни крайняя жестокость по отношению к населению, ни политические убийства не смогли снизить накала политической напряженности в стране, тем более что активизации антидиктаторского движения в Доминиканской республике в конце 50-х гг. в немалой степени поспособствовало падение диктаторских режимов Перу, Колумбии, Венесуэлы, Кубы. В 1956 г. вспыхнуло вооруженное восстание, в 1958 г. с участием военных был устроен заговор против Трухильо. Все эти выступления подавлялись со страшной жестокостью. В 1959 г. в стране произошло столкновение между правительственными войсками и высадившимися вооруженными группами патриотов-эмигрантов. В подготовке этих групп Трухильо обвинил кубинцев. Он никого не боялся, он был до того упоен властью, что присвоил себе звание генералиссимуса и переименовал столицу Санто-Доминго в Сьюдад-Трухильо.