Первые годы пребывания Ким Ир Сена на родине оказались омрачены двумя трагедиями: в 1947 г. утонул сын, а в 1949 г. во время родов умерла жена. В этот период обозначилось острое противостояние в стране, разделенной по решению Потсдамской конференции на зоны оккупации – советский Север и американский Юг. Оба режима претендовали на роль единственного законного объединителя страны. Дело шло к войне, но не Ким Ир Сен был самым решительным сторонником решения корейской проблемы военным путем. Решение начать войну принималось весной 1950 г. в Москве во время визита Ким Ир Сена и его бесед со Сталиным.
Во время войны 1950–1951 гг. руководство КНДР расположилось в бункерах, выбитых в скальном грунте на глубине нескольких десятков метров. Основная тяжесть боевых действий легла на китайские войска, направленные в Корею по просьбе Ким Ир Сена и с благословения советского правительства. Корейцы же действовали на второстепенных направлениях и обеспечивали охрану тыла. В ходе войны произошло ослабление советского влияния и усиление самостоятельности Ким Ир Сена, начавшего входить во вкус власти. Он показал себя мастером политической интриги, проявил умение лавировать и использовать противоречия как противников, так и союзников. Единственно чего ему остро не хватало – образования, а заниматься самообразованием у него не было времени.
Начало ознаменовалось борьбой Ким Ир Сена за полновластие в стране. Все его усилия были направлены на уничтожение северокорейской элиты – четырех группировок, враждовавших между собой. Их уничтожение давало Ким Ир Сену возможность избавиться от советского и китайского контроля. Однако расправа над ними привела к тому, что из СССР и Китая прибыли делегации во главе с А.И. Микояном и Пэн Дэхуаем, пригрозившие отстранить самого Ким Ир Сена от руководства страной. Он вынужден был пойти на уступки, но навязываемая ему роль марионетки заставила его с середины 50-х гг. настойчиво и осторожно дистанцироваться от своих покровителей. КНДР тогда очень зависела от экономической и военной помощи СССР и Китая, поэтому, искусно лавируя, Ким Ир Сен сумел сделать так, чтобы эта помощь не прекращалась. На первых порах он больше склонялся к КНР, чему способствовали культурная близость, совместная борьба и критика в адрес Сталина, развернувшаяся в СССР. Это вызвало недовольство советского руководства и сокращение помощи, что поставило ряд отраслей экономики на грань краха. В связи с конфликтом между СССР и КНР и начавшейся в Китае «культурной революцией» Ким Ир Сен начал дистанцироваться и от Китая, заняв в конфликте нейтральную позицию. Это, конечно, вызвало недовольство и в Москве, и в Пекине, но ни разу не привело к сокращению помощи.