На шестом году правления Эхнатон переносит столицу из Фив, центра оппозиционно настроенного жречества Амона, в основанный им на земле, не посвященной никакому другому божеству, „великий очарованием, приятный красотой для глаз“ город Ахетатон (древнеегипетское „Горизонт Атона“; совр. Тель-эль-Амарна в Среднем Египте) и клянется вместе с Нефертити никогда не покидать столицы, объявленной священной обителью Атона. Вскоре он запрещает культ Амона, его жены Мут и их сына Хонсу (фиванская триада богов). Около 1346 г. до н. э. Атон провозглашается единственным богом, и к 1343 г. до н. э. начинаются преследования почитания всех других культов прекращается строительство храмов, искореняются сами слова „бог“ и „боги“; даже Атон именуется не иначе как „властитель“ (его имя, подобно царскому, заключается в картуши).
В новой по сути религии особое место уделяется также прославлению божественности самого фараона; он считается возлюбленным сыном и соправителем Атона, „единственным познавшим истинного бога“ и способным вступать в прямое общение с воплощенным солнцем. В столице пышно отмечаются годы их „совместного“ царствования. Прежнее жречество в правление Эхнатона утрачивает свои позиции, новое жречество Атона и придворная элита царя состоят главным образом из вышедшей из низов служилой знати. При Эхнатоне, всецело поглощенном религиозной реформой, практически не ведутся завоевательные походы, не поддерживается контроль Египта над Палестиной и Сирией, ослабевают связи с Вавилонией и другими государствами Ближнего Востока, Египет теряет в этом регионе своего главного союзника — государство Митанни — и не противостоит росту могущества своего будущего главного соперника в Сирии — Хеттского царства.
Преобразования Эхнатона, в значительной мере вызванные политическими целями, несли на себе, однако, печать искренней и даже фанатичной веры. Для поклонения Атону строятся многочисленные храмы, представляющие собой большие открытые дворы с пилонами. Отныне молитвы человека возносятся к самому богу, между ними не существует преград. Сам Атон изображается не в привычном антропоморфном облике, но в виде солнечного диска, лучи которого оканчиваются ладонями со знаками „анх“ (символом силы, жизни и благодати), которые он протягивает к обращенным к нему в молитве фараону и его супруге. Религиозная реформа отразилась на всех сторонах жизни Египта; в искусстве формируется новый образ человека, в изображениях царя, Нефертити и приближенных подчеркиваются главным образом милосердие и благость, мягкая красота и открытость души миру эмоций.