Вместо него на трибуну отправили председателя Совета министров Грузии Гиви Дмитриевича Джавахишвили. Он был верным соратником Мжаванадзе и должен был выручить старшего товарища, не желавшего выступать против Сталина. Джавахишвили довольно невнятно сказал, что Грузия согласна с предложением вынести гроб Сталина из Мавзолея.
Съезд проголосовал за это предложение:
«Признать нецелесообразным дальнейшее сохранение в Мавзолее саркофага с гробом И. В. Сталина, так как серьезные нарушения
Сталиным ленинских заветов, злоупотребления властью, массовые репрессии против честных советских людей и другие действия в период культа личности делают невозможным оставление гроба с его телом в Мавзолее В. И. Ленина».
«Вчерашний день — решение съезда о Мавзолее, — записал в дневнике Твардовский. — Да, нехорошо, нужно исправить ошибку 1953 года, но как было бы благопристойнее, если бы не было этой ошибки.
Я могу попрекать себя за стишки, которые тогда были искренними — “И лежат они рядом…”, но кого попрекать за то, что он положен был рядом. Так велика была инерция принятого, утвержденного всеми средствами воздействия на сознание равенства этих личностей (даже более, чем равенства)».
Начальника 9-го управления КГБ генерал-лейтенанта Николая Степановича Захарова и его заместителя коменданта Кремля генерал-лейтенанта Андрея Яковлевича Веденина предупредили заранее. Хрущев пригласил их в комнату президиума:
— Место обозначено. Комендант Мавзолея знает, как рыть могилу. Инструкции получите от товарища Шверника. Необходимо, чтобы перезахоронение прошло без шума.
Распоряжался всем председатель Комитета партийного контроля при ЦК КПСС Николай Михайлович Шверник. 31 октября 1961 года офицеры кремлевского полка вытащили саркофаг из Мавзолея и занесли его в лабораторию. С мундира генералиссимуса сняли Золотую Звезду Героя и заменили золотые пуговицы на латунные. Останки вождя переложили в гроб, изготовленный в столярной мастерской отдельного полка специального назначения комендатуры Кремля из сухой древесины, и захоронили у кремлевской стены. Это произошло глубокой ночью, через несколько часов после закрытия съезда. Красную площадь оцепили под предлогом репетиции парада к ноябрьской годовщине. Мавзолей обнесли фанерным забором, чтобы ничего не было видно.
Могилу выкопали солдаты кремлевского полка. Положенные в могилу мощи тут же заложили бетонной плитой. Через девять лет, в семидесятом году, на могиле Сталина у кремлевской стены был установлен памятник работы президента Академии художеств скульптора Николая Васильевича Томского. Большой белой лентой закрыли надпись «Ленин — Сталин» на фронтоне Мавзолея — пока не сделали новую надпись. Внутри Мавзолея саркофаг с телом Ленина вернули на прежнее место.