В конце сорок первого Абакумов подвел итоги своей работы за первые, самые трудные и кровавые, месяцы войны: с 22 июня по 1 декабря особые отделы арестовали более тридцати пяти тысяч человек. Это две дивизии! Из них четырнадцать с половиной тысяч (целую дивизию!) расстреляли.
В середине войны, 19 апреля 1943 года, Сталин вывел особые отделы из наркомата внутренних дел и на их основе создал Главное управление контрразведки наркомата обороны СМЕРШ. Комиссар госбезопасности 3-го ранга Абакумов по должности стал заместителем наркома обороны и подчинялся напрямую Сталину. Впрочем, через месяц, 25 мая, он перестал быть заместителем наркома, но подчинялся все равно только Верховному главнокомандующему.
Особисты в первую очередь занимались оперативным обслуживанием воинских частей, то есть следили за поведением и настроениями солдат и офицеров.
В 1943 году командующий 7-й отдельной армией генерал-майор Алексей Николаевич Крутиков обратился к Сталину с письмом о деятельности особого отдела армии. Генерал Крутиков от имени военного совета армии доложил Верховному главнокомандующему, что особисты фальсифицируют дела и отправляют на смерть невинных людей, объявляя их немецкими шпионами.
«Общей чертой большинства шпионских дел, — возмущенно писал генерал Крутиков, — является полное отсутствие объективных доказательств. Все обвинения в шпионско-диверсионной работе были построены на признании самих подсудимых».
Командующий армией — фигура, Сталин каждого из командармов знал лично. Крутиков хорошо проявил себя на фронте, его ждали повышение и новые звездочки на погонах.
«Алексей Николаевич Крутиков, — писал о нем маршал Кирилл Афанасьевич Мерецков, — выдвинулся в ряды видных военачальников, служа в Ленинградском военном округе. В тех же местах он принял дважды боевое крещение и во время Великой Отечественной довольно долго являлся начальником штаба 7-й армии. На этой должности Крутиков проявил себя с очень хорошей стороны.
Когда встал вопрос о том, кто будет руководить 7-й армией в период Свирско-Петрозаводской операции, выбор пал на него. Фактически он как бы прошел здесь в боевых условиях стажировку в качестве командарма и доказал на деле, что ему по плечу не только штабные, но и крупные командные должности. Естественным было поэтому дальнейшее продвижение его по службе».
Проверить письмо командарма Сталин поручил начальнику главного политического управления Красной армии Александру Сергеевичу Щербакову. Прихватив с собой Абакумова, начальник ГлавПУРа выехал в штаб 7-й армии.
22 мая 1943 года Щербаков доложил вождю итоги проверки. Слова генерала Крутикова подтвердились: чекисты фальсифицировали дела.