Мощные подземные толчки разрушили замок сёгуна и большую часть городских кварталов. Современные сейсмологи по сохранившимся описаниям определили их силу — 8,2 балла по шкале Рихтера. Это землетрясение — одна из трех крупнейших катастроф эпохи Токугава: тогда погибло 10 тысяч человек, более 20 тысяч домов было разрушено, только в столице без крова осталось 37 тысяч горожан. Эпицентр землетрясения находился недалеко от южной оконечности полуострова Босо, отделяющего Токийский залив от Тихого океана (территория современной префектуры Тиба). В этом месте морское дно после землетрясения поднялось на четыре метра и соединило остров Нодзима с полуостровом; сегодня это хорошо известный морякам мыс Нодзима. По восточному побережью Хонсю в его центральной части ударило цунами высотой до 8 метров, увеличив ущерб и число погибших.
Подземная стихия сотрясала столицу еще шесть месяцев (с небольшими промежутками) — до 19 мая 1704 года. Именно тогда в замке сёгуна построили специальное убежище на случай землетрясения. Со временем такие укрытия появились в сёгунских резиденциях в Киото и Камакуре, а затем их стали строить не только для сёгунов.
В феврале 1703 года, за девять месяцев до Гэнроку дайдзисин, совершили самоубийство приговоренные к смерти 46 самураев из клана Ако, жизнями отомстившие за попранную честь своего господина. Это событие всколыхнуло страну. После редкого по силе стихийного бедствия пошли слухи о том, что боги разгневаны неправедным решением властей в отношении мужественных воинов и что теперь удачи и процветания стране не будет. Панические настроения распространились настолько широко, что пришлось вмешаться бакуфу. Специальным указом девиз правления годов Гэнроку был заменен, и с марта следующего, 1704 года началась новая историческая эпоха — Хоэй.
Видимо, указа оказалось недостаточно: спустя два с половиной года, 4 октября 1707 года, произошло еще более разрушительное землетрясение годов Хоэй силой 8,4 балла, за которым последовало мощное цунами. Погибло более 20 тысяч человек, 60 тысяч домов рухнуло от толчков, и еще 20 тысяч строений смыло приливной волной по всему побережью. Это землетрясение стало самым мощным и самым страшным за весь период Токугава. А спустя 49 дней началось еще и извержение вулкана Фудзи, засыпавшего пеплом столицу и ее окрестности.
За время правления сёгунов Токугава городу Эдо достались всего два вулканических извержения, и оба были не самыми тяжелыми — по сравнению с другими стихийными бедствиями. Два с половиной столетия — долгий срок для правящей династии, но не для тектоники, ведущей счет на тысячелетия. Однако для людей с их короткой жизнью местоположение Восточной столицы оказалось не самым удачным. Выполняя распоряжение Тоётоми Хидэёси и вступая во владение районом Канто, Токугава Иэясу в 1590 году не знал, что его будущая резиденция в радиусе 200 км окружена пятнадцатью вулканами, которые последние несколько тысячелетий вели себя довольно активно. Сегодня они окружают Токио большой дугой с северо-востока. Из-за сезонных ветров, почти круглый год дующих с запада-северо-запада на восток-юго-восток, газы, пепел и другие продукты вулканических выбросов почти неизбежно накрывают японскую столицу. Ближайшие из этих пятнадцати вулканов расположены буквально рядом: до Фудзи около 100 км, до Асама — 140 км. Кроме того, если соединить вулканы линией, она замкнется на Токио. Японские сейсмологи считают, что эта линия соответствует контуру тектонического разлома. Трудно найти менее удачное в геологическом смысле место для главного города страны.