Зоолога А.А. Бирулю (Бялыницкого-Бирулю) он сопровождал в береговых экскурсиях, проводил в его отсутствие драгировочные работы, передавал ему свои сборы (жуков, пауков, клещей), сообщал орнитологические наблюдения.
Добавим, что "господа ученые" не гнушались принимать участие в снятии с мели судна, в сборе плавника, а когда собаки не в силах были тащить груз сами впрягались в лямку.
Экипаж судна состоял из матросов военного флота, и обязанностью всех трех судовых офицеров было поддержание дисциплины и порядка. Колчаку это удавалось лучше других, без оскорблений, характерных для командира судна Н.Н. Коломейцева: не случайны слова Толля о "лучшем офицере" экспедиции.
Когда Толль решился на отчаянное предприятие - на санях и байдарках добраться до острова Беннетта, - первым кандидатом себе в спутники он выбрал лейтенанта Колчака, и только невозможность оставить "Зарю" без опытнейшего и авторитетнейшего офицера (к тому же выносливого и волевого) заставила Толля отказаться от этого. Похоже, что отправление в путь без Колчака предопределило гибель Толля.
После навигации 1902 г. "Заря", добравшаяся до бухты Тикси, была раздавлена льдами и не имела запасов угля, поэтому экспедиция, снятая пароходом "Лена", через Якутск прибыла в декабре в столицу. Но не вернулся Толль, ушедший с тремя спутниками к острову Беннетта по морскому льду. Надеялись, что он там зазимовал.
Колчак, прибыв в Петербург, предложил Императорской Академии наук, встревоженной участью Толля, организовать немедленно спасательную экспедицию к острову Беннетта на шлюпках. Спутники по РПЭ отнеслись к этой идее скептически ("такое же безумие, как и шаг барона Толля"). Но когда Колчак выразил готовность возглавить предприятие, Академия дала ему средства и полную свободу действий, а боцман и рулевой старшина с "Зари" вызвались идти с ним. Еще четверых участников Колчак нашел среди тюленепромысловиков, специально съездив за ними на Мезень. Сговорившись по телеграфу со своим якутским знакомым, ссыльным П.В. Олениным, Александр Васильевич поручил ему подготовить на побережье собак и тяжелый китобойный вельбот с "Зари", покуда партия Колчака доберется до низовья Яны.
Рассказывал ли Анне Васильевне Колчак об этом самом знаменитом своем путешествии? Если да, то что? Или рассказывала жена Колчака в пору своей дружбы с молодой Тимиревой? Ведь в РПЭ Колчак отправился женихом, а в считанные петербургские дни между двумя экспедициями (тут и вся подготовка, и поездка на Мезень) оказалось не до свадьбы - и Софья Омирова вновь осталась ждать своего жениха.