Один из президентских охранников, Джон Паркер, оставил свой пост у входа в ложу и отправился в бар. Бут следил за действием в ожидании удобного момента. Воспользовавшись оплошностью охранника, Бут вошел в президентскую ложу и с возгласом "Смерть тиранам!" спустил курок. Пуля пробила голову президента и застряла в области правого глаза.
Майор Рэтбоун вскочил, пытаясь задержать убийцу. Но тот выхватил нож и, ранив офицера, спрыгнул из ложи на сцену. Он запутался в занавесе и упал на подмостки, сломав ногу выше колена. Но даже это не помешало преступнику в возникшей суматохе выбраться из театра. Вскочив на лошадь, убийца исчез в ночи.
Тяжело раненного президента в кресле-качалке осторожно перенесли из театра в один из близлежащих домов. Прибывший по срочному вызову врач сделать ничего не смог. Наутро президент скончался.
Через несколько минут после выстрела Бута его сообщник Льюис Пейн пробрался в дом государственного секретаря Уильяма Сьюарда и нанес ему удар ножом. Однако рана оказалась не смертельной. Ацерот, который должен был убить вице-президента, струсил, напился и, чтобы отвлечь от себя подозрения, весь вечер просидел в кабаке.
Преступление и наказание
За несколько миль от театра Бут встретился с Хэролдом. Сообщники направились в штат Мэриленд, надеясь найти убежище у своих единомышленников-южан. Знакомый врач перевязал Буту ногу, и преступники продолжили путь. Одиннадцать дней им удавалось скрываться, пока беглецов не выследили на табачной ферме в штате Вирджиния. Солдаты окружили здание, где засели преступники, и после бесплодных переговоров о добровольной сдаче подожгли ферму. Хэролд был вынужден поднять руки, а Бут застрелился.
Оставшиеся в живых участники заговора были преданы суду, который признал их соучастниками убийства и приговорил к смертной казни.
Арнольд, хотя и не принимал участия в покушении, был приговорен к пожизненным каторжным работам, так же как и хирург Сэмюэл Мадд, лечивший сломанную ногу Бута.
Эдвард Спенглер, рабочий сцены, получил шесть лет за содействие убийце в осуществлении его замысла.
Вскоре после убийства Линкольна стали появляться всевозможные домыслы о мотивах и тайных пружинах этого преступления. Согласно одной из версий, убийство Линкольна было задумано тогдашним госсекретарем по делам обороны Эдвином Стэнтоном — ближайшим единомышленником и помощником президента во время гражданской войны. Однако доказательств это и другие подобные предположения практически не имеют. Наиболее вероятно, что преступный замысел был осуществлен группой фанатиков, которые действовали по собственной инициативе.