Вмешательства государя больше всего требовали вотчинные дела. Писцы должны были следовать порядку, установившемуся по «уложенью» царя Ивана Грозного с «89 года», то есть указам об отмене тарханов, состоявшимся, если быть точным, 15 января 1580 года[248]. С этого времени церкви было запрещено приобретать каким-либо способом, в виде купли или вклада, земли служилых людей. На самом деле вотчинники и монастыри находили способы обойти этот закон, и практика пополнения монастырских владений за счет приобретения земли служилых людей продолжалась. В отношении таких нарушений царь Михаил Федорович объявлял амнистию, в случае если не было каких-либо челобитных до его воцарения. Считалось, что «те вотчины застарели в монастырех многими леты». Отдельно решался вопрос о монастырских вотчинах, если на них были челобитчики со времени воцарения Михаила Федоровича. Писцы должны были собрать информацию и написать о таких спорных владениях в своих писцовых книгах отдельной статьей. Дальше вопрос решался самим государем («о тех вотчинах велит указ учинить»). Вообще Поместный приказ больше заботила практика, установившаяся со времени избрания царем Михаила Федоровича. Поэтому должен был состояться пересмотр пожалований монастырям вотчин служилыми людьми, не имевшими наследников. Очень характерно для политики царя Михаила Федоровича, что речь не шла о конфискации таких земель, полученных монастырями в обход «уложенья» царя Ивана Грозного. Вотчины должны были выкупаться, а монастыри получить компенсацию из государевой казны «по своему государеву указу и по новому уложен ью».
По усмотрению царя Михаила Федоровича должны были решаться дела о вотчинах, конфискованных когда-то «в опричнину з городом, а вотчинники высланы в земское, и раздаваны те их вотчины в поместье». В Москве хорошо знали, что вслед за опричными переселениями последовало запустение многих опричных земель и постепенный процесс возвращения вотчинников на свои земли, как законного, так и незаконного. Со временем создалась ситуация, когда у владельцев вотчин имелись старые грамоты на них, но не было царского указа об отдаче им назад таких вотчин, ставших «порозжей» землею уже после отмены опричнины. Таких владельцев с неявными правами на землю писцы обязаны были высылать за порукой в Москву «в государеве пене и во владенье». Старым вотчинникам необходимо было вместе с писцами «встать перед государем», а тот должен «им в тех землях указ учинить». Доклад царю Михаилу Федоровичу требовался и в других спорных случаях владения вотчинами без крепостей или по таким крепостям, где земля обозначена поместной, а не вотчинной. Самостоятельно писцы отписывали земли тех людей, у кого не было права на приобретение вотчин: «неслуживые люди, попы не к церквам и торговые мужики, и монастырьские служки, или холопи боярские». Напротив, писцы должны были принять меры, чтобы сохранить в составе землевладельцев атаманов и казаков, «сдававших» свои поместья и распродававших вотчины, чтобы избыть государевой службы.