Не менее, если не более сложной была задача восстановления внутреннего управления в Московском государстве. Напомню, что 2 мая 1613 года царь Михаил Федорович приехал в сгоревшую, обезлюдевшую столицу, в наспех отстроенные деревянные покои. Царская казна отсутствовала, архивы большей частью сгорели, у царя не было под рукой достаточного количества людей, которые бы хорошо знали порядок управления в приказах. Люди в государстве отвыкли от бессловесного подчинения, утверждавшегося прежде единоначалия и единообразия в управлении. Годы Смуты, с их новыми навыками самостоятельной организации в деятельности городовых советов и земских ополчений, а также распоряжения собственными доходами, приучили людей к оппозиции интересов, с одной стороны, менявших друг друга царей, а с другой — земских сил. И теперь царю Михаилу Федоровичу предстояло снова заставить подданных поступиться и своей свободой, и своей собственностью.
В целом в стране это удалось сделать с помощью чрезвычайных сборов запросных и пятинных денег, повсеместного введения воеводского управления и подчинения деятельности местных чиновников центральным приказам. Но при этом оставался и функционировал механизм земских соборов, освящавших своим авторитетом ведение тяжелых и обременительных для населения военных действий. Впрочем, как бы ни была велика их роль, земские соборы 1613–1619 годов не претендовали, да и не могли претендовать на противовес власти царя Михаила Федоровича. Новому царю сложнее было сломать психологические стереотипы людей, привыкших приспосабливаться к ситуации неопределенности, умевших «корыстоваться» и извлекать выгоду из текущего положения, не считаясь с прежними критериями заслуг в движении по чинам и получении должностей. Увы, не избежали этого и самые близкие люди в окружении царя Михаила Федоровича, как, например, выдвинутые им в состав элиты нового царствования братья Б. М. и М. М. Салтыковы, постельничий К. Михалков. Это поистине ахиллесова пята царей романовской династии — неумение решать проблемы, создававшиеся их родственниками и допущенными в ближний круг людьми, — проявилась уже у царя Михаила Федоровича.
Московское царство изначально строилось на идее богоизбранности власти государя, и царю Михаилу Федоровичу предстояло доказывать это каждым своим шагом. Все, что ни делал правитель, приобретало еще один, дополнительный смысл — исполнения воли Божией. Новая власть нуждалась в новых символах и знаках. Избрание царя Михаила Федоровича на царство в 1613 году было связано в сознании современников с прославлением двух икон Божией Матери — Казанской — главной иконы земского ополчения Минина и Пожарского, освободившего Москву, и Костромской Федоровской, которой благословили избрание Михаила Федоровича. 1 октября 1618 года, когда Москва была спасена от штурма полков королевича Владислава, царствование Михаила Федоровича стало символически связанным еще с одним важным церковным событием — праздником «Пречистые Богородицы славнаго Ея Покрова». По сообщению «Нового летописца», царь Михаил Федорович «постави храм каменной по обету своему во имя Покрова Пречистые Богородицы в дворцовом селе Рубцове»