А через два дня, 21 ноября 1796 года, появился указ нового императора Павла I, в котором поднимался вопрос об ответственности за беззаконие, чинимое в польских губерниях. Спустя 10 дней, 1 декабря 1796 года, Тимофей Иванович был уволен с занимаемых должностей.
Однако увольнение для Тутолмина было только началом беды. Вскоре Тимофей Иванович по ложному доносу был арестован и привезен в Петербург, где помещен под караул в Петропавловскую крепость — главную политическую тюрьму тогдашней России. Все имения оклеветанного генерала были конфискованы и розданы или проданы другим людям. Опального Тутолмина посадили в одиночную камеру. Следствие продолжалось полтора года, после которого выяснилось, что никакой вины за Тутолминым нет и в помине. Павел лично извинился перед опальным генералом, пожаловал ему 10 февраля 1798 года прежние поместья, добавил новые, вернул чины и ордена. Вот что, в частности, читаем В в этом указе: «… Объявляем сим, что Мы в следствие Указа Нашего в десятый день февраля 1798-го года данного, о назначении Генералу Тутолмину Имений, соразмерно отобранному не и возвращенному в прежнее владение, Всемилостивейще повелеваем отдать оное Волынской Губернии, в Луцком повет ключ Торчинский с принадлежащими к нему селениями Бороти ным, Гординовым, Кутахом, Лутвою и Буянами в коих за изъятием… местечка Торчина мужского пола четыреста шестнадцать душ; в Подольской Губернии из купленного в казну от Князя Любомирского побережскаго имения, ключ Попелюгский с селами: Попелюгским, Городищем, Пирожным, Рудницким Устиновским, Разбойным и с принадлежащими к ним слободами, присадами и корчмами, слободы Рубкину и Медушевну и в ключ Рашковском местечко Рашков с селом Белочью 3031 душу мужского пола, а всех 3447 душ. А как он Генерал Тутолмин, на сие селение жалованной Грамоты не имеет, того ради Мы, по самодержавной Нашей Императорской власти, силою сея Нашея, жалованныя Грамоты, ему Нашему Генералу Тутолмину, означенные ключ Торчинский с принадлежащими к нему селениями Боротиным, Гординовым, Кутахом, Лутвою и Буянами в коих за изъятием… местечка Торчина мужского пола четыреста шестнадцать душ; в Подольской Губернии из купленного в казну от Князя Любомирского побережскаго имения, ключ Попелюгский с селами: Попелюгским, Городищем, Пирожным, Рудницким, Устиновским, Разбойным и с принадлежащими к ним слободами, присадами и корчмами, слободы Рубкину и Медушевну и в ключ Рашковском местечко Рашков с селом Белочью 3031 душу мужского пола, а всех 3447 души со всеми принадлежащими к ним пустыми землями, дворами, хоромами и огородными строениями, с пашнями и лугами, с лесами, сенными покосами и рыбными ловлями и с имеющимися в наличными и беглыми крестьянами, ничего не включая, что к тем ключам и селениям принадлежит, и впредь правдою и судом по пристоинству присовокуплено в вечное и потомственное владение Всемилостишее утверждаем и оныя ему потомкам его продать, заложить и по правам укрепить позволяем..»