В связи с делом авиаторов Сталин вспомнил слова простодушного наркома Военно-Морского Флота адмирала Кузнецова, неискушенного в политических интригах, который на одном из приемов рассказал ему, что когда он пожаловался Молотову: мол, ему крепко порой достается от Сталина за допущенные ошибки, промахи в работе и прямоту суждений, то Молотов сказал: «Только «шляпа» высказывает то, что думает».
Неожиданно Жемчужина дала повод для своего ареста, открыто установив дружеские отношения с послом государства Израиль в СССР Голдой Меир.
После нескольких зафиксированных встреч с Голдой Меир, пытавшейся вести провокационную работу среди евреев — представителей советской интеллигенции, Полина Жемчужина, по приказу Сталина, в феврале 1949 года была арестована. Голда Меир, как нежелательная персона, была выслана из страны. Сталин за ходом расследования по делу жены Молотова следил лично. Однако каких-либо конкретных уличающих материалов о ее предательской деятельности получено не было, и Абакумов предпринимал все от него зависящее, чтобы такие улики добыть путем активных допросов и запугивания арестованных из ближайшего окружения Жемчужиной. В конце концов Абакумову удалось добиться от них показаний о том, что якобы Жемчужина вела с ними националистические разговоры и критиковала действия Советского правительства. Но здесь у него произошла осечка.
Когда Сталин спросил генерала Джугу, что он думает о деле Жемчужиной, тот, несмотря на то, что вместе со Сталиным ненавидел ее лютой ненавистью и не называл иначе как «лысая ведьма», поступил честно и благородно, как и всегда он поступал в таких случаях: доложил правду. Доложил, что никаких компрометирующих материалов у него на Жемчужину нет, она же, будучи арестованной, никаких показаний с признанием своей вины не дает.
Джуга говорил правду, не выгораживал, как может показаться, Молотова. Впоследствии во время суда в 1954 году над Абакумовым, проходивший с ним по одному делу бывший заместитель начальника следственной части по особо важным делам МГБ СССР полковник Комаров, который вел следствие по «делу» Жемчужиной, показал: «О показаниях самой Жемчужиной говорить нечего, так как ни у Лихачева,[5] ни у меня она ни в чем виновной себя не признала».
Что же касается показаний, полученных на нее Абакумовым, утверждал Джуга, то они результат активных допросов и запугивания ее родственников и лиц из ближайшего окружения.
В доказательство он привел копию письма арестованной по этому делу Мельник-Соколинской, которое было по приказу Абакумова задержано полковником Черновым и передано в следственную часть по особо важным делам министерства.