В Афганистане Голованов совершил 344 боевых вылета на Ми-24 и Ми-8. Очень тяжело переживал потери. Так, 1 октября уже при подходе к аэродрому ракетой был сбит Ми-8МТ его ведомого капитана М. Хрипача (для него это был второй Афган, а был еще и Чернобыль, и 22 рентгена, полученные там, и 4 ордена), причем вертолет взорвался в воздухе. Голованов, сжав всю волю в кулак, снова поднялся в воздух и отомстил за ребят.
Вообще авиаторы-афганцы до сих пор с неподдельной теплотой вспоминают о нем. «Чистый и светлый, совестливый, мягкий человек с необыкновенной душой», – сказал о нем Александр Руцкой.
21 января 1988 г. в полку снова горе – сбит Ми-8МТВ начальника разведки полка майора Пискайкина. Экипаж и четверо пассажиров погибли мгновенно. 24 июля при посадке в Баграме упал самолет Ан-26 с командиром 1-й аэ майором Косьяненко. Экипаж погиб.
За год полк произвел 18 581 боевой вылет, перевез 64 221 человека, 480 раненых, 9971 тонну груза, потеряв 26 человек, один Ан-26, три Ми-8 и три Ми-24В. Серьезно были повреждены еще три самолета и девять вертолетов.
Долгожданный год вывода, 1989-й, начался для полка удачно. За январь экипажи полка выполнили 3128 боевых вылетов без потерь. Однако срок вывода переносили четыре раза из-за плохой погоды. Только 1 февраля в 20 часов 22 минуты «940-й» (позывной командира полка Александра Голованова) поднял свой Ми-24П с бортовым № 01 (заводской № 3532431723783) и повел его в сторону перевала Саланг. Однако тут случилось непоправимое – вертолет был сбит. Посмертно Голованов удостоен звания Героя Советского Союза, а его летчик-оператор Сергей Пешеходько – ордена Ленина.
Это были последние боевые потери полка в Афганской войне.
Основной эшелон 50-го осап вышел на аэродром Какайды только 7 февраля (1:30 ночи), а крайние экипажи – 13 февраля. Война для летчиков полка закончилась.
Подводя итоги, отметим, что за девять лет войны летчики «полтинника» совершили 120 944 боевых вылета (больше, чем в других частях), уничтожили 298 опорных пунктов, 160 огневых точек, 104 позиции ДШК, 75 складов с оружием и боеприпасами, около 3,5 тысячи мятежников, перевезли более 90 тысяч тонн грузов.
После войны полк был фактически расформирован и летчики разлетелись по всему Союзу. Только единицы прибыли под Минск, на аэродром Липки, где в мае 1989 г. на новой матчасти фактически снова был сформирован 50-й осап.
После развала Союза полк попал в состав ВВС Беларуси, и в 1994 г. на его базе в Мачулищах была сформирована 50-я база ВВС, которая через два года была переименована в 50-ю транспортную авиабазу.