Если говорить об истории Третьего рейха вообще и истории СС в частности, никак нельзя обойти стороной пресловутую «борьбу компетенций». Она бушевала на всех просторах Германии. Между различными ведомствами, различными функционерами, всеми и вся. «Зондеркоманда Х» не была исключением. В 1938 году произошел бурный и скоротечный конфликт между «Зондеркомандой» и «Наследием предков», которое 13 июня 1938 года было введено Гиммлером в состав своего Личного штаба.
Остановимся на нем поподробнее. Начало этого конфликта было заложено задолго до возникновения «Аненербе» и «Зондеркоманды Х». Дело в том, что в 1934 году была опубликована книга «Тайные культовые мужские союзы германцев», автором которой был Отто Хёфлер, ученый, принадлежавший Венской школе Рудольфа Мукса. В этой работе он изображал раннее германское общество как результат существования героически-демонического культа умерших, который был поставлен мужскими союзами в центр всей социальной жизни. По мнению ученого, именно этот культ был источником возникновения всех религиозных, этических и социально-политических представлений в германском обществе. Именно тайные мужские союзы древности послужили прототипами для государства и всех общественных институтов. В конце работы Хёфлер достаточно критически анализировал все идеалистические и романтические представления о древнем строе германцев.
Работа Хёфлера тут же подверглась нападкам со стороны партийных догматиков и поборников расовых идей. Главным объектом для атак стал вывод ученого о том, что ведьмы изначально преследовались тайными мужскими союзами. Действительно, при написании своей книги Хёфлер руководствовался научными, а не идеологическими соображениями. Он собирал этнографический материал, проводил параллели между различными народами, в том числе до сих пор пребывавшими на стадии первобытности. Отталкиваясь от средневековых европейских сюжетов об «ораве дикого охотника», «диких охотах», «набегах масок», он видел в этих мифологических событиях отголосок «террористических» действии тайных союзов, члены которых маскировались под мертвых, демонов и духов. Запуганное население воспринимало эти набеги вовсе не как действия замаскированных людей, а как акты реальных духов и демонов, которые требовали приношения жертв. Подобная трактовка прошлого никак не соответствовала нацистскому изображению древнего героического германца.
Более того, Хёфлер делал вывод почти еретический для нацистской науки — мужские союзы охотились в первую очередь на представительниц уходящего матриархального культа, которыу впоследствии были изображены в качестве ведьм и колдуний. Таким образом, преследованье ведьм было вовсе не этрусским пережитком, не преступлением католичества, а закономерный стадией в развитии общества. Более того, это было исконной функцией тайных мужских союзов германцев.