Начав сотрудничество с Аненербе, Вюст очень внимательно следил за тем, чтобы его репутация не пострадала от невольных ассоциаций с именем этого ученого-шарлатана. Во время переговоров о вступлении в «Наследие предков» Гиммлер прекрасно понимал, что профессор Вюст наотрез откажется выполнять какие-либо распоряжения Вирта. Поэтому Гиммлер предложил ему занять привилегированную должность представителя Аненербе, а самое главное, дал в решении научных вопросов преимущество перед Виртом. Отныне все лекции, читаемые сотрудниками Аненербе, контролировал именно Вюст. Возглавить одну из структур «Наследия предков» он согласился при ряде условий: во-первых, он не будет зависеть от Вирта; во-вторых, он сможет продолжить в Аненербе свои собственные научные разработки и, в-третьих, он сам сформирует список сотрудников своего отдела. Гиммлер гарантировал, что все его требования будут выполнены.
Это отвечало на вопрос, почему Вюст сразу же согласился присоединиться к исследовательской организации Гиммлера. Но до сих пор неясно, почему он пошел на сотрудничество с нацистами вообще и СС в частности? Этот момент кажется важным хотя бы потому, что после войны Вюст попал в число тех преподавателей высшей школы, против которых были приняты суровые репрессивные меры. Можно выделить четыре группы преподавателей высшей школы, которые активно сотрудничали с нацистами. К первой группе относились такие ведущие теоретики и философы, как, например, А. Боймлер и Э. Крик. Они имели прерогативу самолично подстраивать теорию и практику университетского образования под национал-социалистическую идеологию. Вторая группа состояла, как правило, из «молодежи» периода 1900 — 1920 годов рождения, которая работала младшими научными сотрудниками в отдельных областях науки, проводя в жизнь национал-социалистические принципы. Третья группа была сформирована из профессуры старой закалки, которая сотрудничала с режимом, желая сохранить свое прежнее положение. Четвертая группа была самой многочисленной — это ученые, которые в 1933 году приняли новый режим, но постепенно дистанцировались от него, став пассивными оппозиционерами. Вальтеру Вюсту не нашлось места в этой схеме — он не являлся представителем ни одной из вышеперечисленных групп.
Вюст хотя и был молод, но уже к 1933 году стал не только профессором, но и корифеем в своей сфере. По мнению бывших сотрудников, его членство в НСДАП было предопределено желанием сохранить свободу научного поиска. Подобно Лангсдорфу и Шляйфу, он находился в весьма натянутых отношениях с Розенбергом и его представителями. Тем не менее ведомство Розенберга пыталось заманить талантливого ученого в свои ряды. Этому должен был поспособствовать профессор Вольфганг Шольц, представитель «Союза борьбы за немецкую культуру» в Мюнхенском университете. Когда в 1936 году Гиммлер только начинал переговоры о вхождении Вюста в Аненербе, Шольц предпринял активную обработку ученого с целью склонить его к сотрудничеству с Розенбергом. В этих условиях Гиммлер был просто вынужден предоставить Вюсту научную независимость, чтобы тем самым обеспечить его присутствие в Аненербе. Как видно, СС, в отличие от других нацистских структур, давали любому ученому, готовому к сотрудничеству, возможность продвинуться вверх по партийной лестнице.