Это новое послушание подвигло архимандрита Иова на более трудное и жертвенное служение Церкви и родной обители. Как и прежде, он продолжал хранить евангельский образ доброго пастыря, благоустраивал обитель, улучшал формы церковного благочиния, словом и жизнью воодушевлял братию к духовно-нравственному восхождению. Здесь, в Старице, «созидалось и упрочивалось церковное видение и мировоззрение будущего Предстоятеля Русской Церкви, формировался и оснащался опытом талант незаурядного церковного деятеля и пастыря, одухотворенного жертвенной любовью к Церкви и Отечеству».57
Далее царь Иван Васильевич находит нужным приблизить его к себе, и поэтому в 1571 году переводит Иова в Москву настоятелем Симонова монастыря. Пройдет еще немного времени, и в 1575 году царь поставит его настоятелем Новоспасского монастыря, считающего в то время царским. С апреля 1581 года — Иов епископ Коломенский, а с января 1586 — архиепископ Ростовский. В этом же году, 11 декабря, Иов «митрополит Московский и всеа Руси».58 Но смиренному Святителю предстояло воспринять и высшее иерархическое достоинство Русской Церкви, сообразное ее действительному значению в христианском мире.
В 1586 году царь Федор Иванович Годунов по совету своего шурина Бориса Годунова высказал мысль об учреждении Патриаршества, чтобы упрочить престиж русской церкви и самого Иова. Без авторитетного руководства церковь не могла вернуть себе то влияние, которым пользовалась в былые времена. Между тем, обстановка острого социального кризиса требовала возрождения сильной церковной организации. В такой ситуации светская власть выступила с инициативой учреждения в России Патриаршества.
Однако, на пути ее реализации существовала преграда — позиция константинопольского Патриарха. Тот, опасаясь конкуренции и сокращения сферы своего влияния, издавна препятствовал учреждению Патриаршества на Руси.
В 1588 году в Россию неожиданно прибыл сам константинопольский Патриарх Иеремий. Подлинной же причиной путешествия Патриарха Иеремия в Москву были долги константинопольского Патриаршества. Переговоры по поводу субсидий сразу же зашли в тупик, поскольку русские власти потребовали предварительно решить вопрос об учреждении у них Патриаршества. Но Иеремий не собирался вести переговоры на эту тему.
Уяснив истинное положение вещей, московские политики решили добиться своей цели хитростью и силой. Царь Федор Иванович тонко рассчитал свои действия, проник в душу слабовольного и тщеславного Иеремии. Вскоре сломленный Патриарх во всеуслышание изъявил желание стать российским Патриархом. Тогда ему поставили условие: Патриарх должен жить не в Москве, а там, где был «древний престол русский — во Владимире-на-Клязьме».59 Но Иеремий не пожелал переехать в захолустную бывшую столицу России. Отказ Патриарха ускорил развитие событий. Ему дали понять, что если он отвергнет условия московского царя, то будет до конца своих дней жить в России под арестом. Сломленный духом Иеремий согласился на все при одном условии: чтобы его самого «и его людей отпустили в отечество».60