30 января Патриарх Иов совершил первое возведение в сан митрополита на Новгородскую кафедру архиепископа Александра, а еще через несколько дней — архиепископа Варлаама на Ростовскую митрополию. Этими актами было завершено торжество установления Патриаршества в Москве.
Таким образом, Русское государство теперь и в церковном отношении стало совершенно самостоятельным и независимым, юридическая подчиненность Константинополю была отныне упразднена. Оставалось, правда, канонически утвердить русское Патриаршество признанием Православного Собора. На достижение канонического оформления осуществившегося акта и были направлены действия русской церковно-государственной власти в последующие годы.
Вскоре после вступления в сан Патриарха Иов позаботился о прославлении тех, кого считал своими духовными учителя — Иосифа Волоцкого и Филиппа Колычева. В 1591 году святитель Иов установил общерусское празднование памяти главы «иосифлян», сам написал ему канон и отредактировал церковную службу. В том году Патриарх санкционировал перенесение из тверского Отроча монастыря на Соловки мощей митрополита Филиппа.
В 1595 году Патриарх Иов почтил и более ранних своих предшественников — московских митрополитов Петра, Алексея и Иону. Он установил особый день 5 октября для празднования их общей памяти.
Первый Патриарх поначалу пытался навести порядок в среде московского приходского духовенства. Однако он не проявил в этой области должной настойчивости и твердости.
7 января 1598 года на 41-м году жизни скончался последний представитель правящей ветки «рюрикова дома» слабоумный царь Федор Иванович, который не оставил после себя духовного завещания. В ходе избирательной борьбы возникли различные версии насчет его последней воли. Носились слухи, будто царь Федор назвал в качестве преемника Романова, одного из своих братьев. Официальная версия, исходившая от Годуновых, была иной. Как значилось в утвержденной грамоте ранней редакции, Федор «учинил» после себя на троне жену Ирину, а Борису «приказал» царство и свою душу в придачу.63 Окончательная редакция той же грамоты гласила, что царь оставил «на государствах» супругу, а Патриарха Иова и Бориса Годунова назначил своими душеприказчиками.66
Преданный Борису Патриарх Иов разослал по всем епархиям приказ целовать крест царице Ирине. Но Иов явно не рассчитал своих сил. По словам очевидцев, в столице «важнейшие не захотели признать Годунова великим князем», в провинции также не все целовали крест «новому великому князю».67
Борьба за власть расколола Боярскую думу. Раздор в думе достиг такой остроты, что Борису пришлось покинуть свое кремлевское подворье и выехать за город. Покидая Кремль, Годунов оставил там, в качестве доверенного лица, Иова. Бесцеремонное вмешательство в политическую борьбу навлекло на Патриарха негодование знати. Впоследствии Иов не мог без горечи говорить о времени, предшествовавшем избранию Годунова. В те дни, вспоминал Патриарх, он впал «во многие скорби и печали» и на него «нападе озлобление и клеветы, укоризны, рыдания и слезы, сия убо вся меня смиренаго достигоша».68