Однако 14 февраля 1607 года Патриарху Иову все же пришлось еще раз прибыть в Москву, так как в это время страну охватил пожар грандиозного крестьянского движения под предводительством И. И. Болотникова. Правительство Василия Шуйского решило прибегнуть к своеобразной церковно-политической демонстрации. Святитель Иов с новым Патриархом Гермогеном в назначенный день прибыли в Успенский собор Московского Кремля. Иов в одежде простого чернеца, поклонившись образам и мощам угодников Божиих, стал у патриаршего места. Стены собора не могли вместить всех «каявших» людей, которые пришли в этот день.
После произнесения народной челобитной архидиаконом, которою составлял от имени народа Василий Шуйский, где слезно просили святителя Иова отпустить именем Божиим все грехи, была прочитана еще одна челобитная, составленная от имени двух Патриархов. В ней, в частности, говорилось напоминание Иова: «… Я сказывал вам, как и когда убит царевич Димитрий, писал обо всем этом в полки к воеводам и воинам, и здесь в царствующем граде Москве по всем сотням разсылал подлинные грамоты, наказывал и укреплял всех вас, чтобы вы помнили Бога и крестное целование. Этого мало. Я сам давал вам на себя страшную клятву в удостоверение, что он самозванец, разстрига, а не царевич Димитрий, и вы все наши убеждения и заклинания презрели и сделали то, что от начала света в Божественном Писании не обретается… За прежние ваши преступления мы, Гермоген Патриарх и смиренный Иов, по данной нам благодати от Святого Духа, уповая на щедроты Божий, всех вас прощаем и разрешаем в сей век и будущий, и молим Господа подать всем, нам и вам, благословение, мир, любовь, радость и всякую благостыню…»79 Послетого, как была зачитана разрешительная грамота, народ вновь упал на колени пред святейшим Иовом и кричал: «Во всем виноваты, честный отец! Прости, прости нас и дай благословение, да примем в душах своих радость великую».80 Великий старец, так много пострадавший среди общих народных бедствий, но вместе с тем и духовно обновленный в эти минуты, с радостью благословлял «колено-преклонный» народ и давал свои последние наставления: хранить верность святому Православию.
После этого Патриарх Иов был отправлен, по его же настоятельной просьбе, обратно в Старицкий Свято-Успенский монастырь. Здесь 19 июня 1607 года он скончался. Для совершения чина погребения прибыли митрополит Крутицкий Пафнутий и архиепископ Тверской Феоктист. Во время службы, которую совершали архиереи совместно с преподобным Дионисием и «протчими священницы», на лице усопшего «бысть аки роса велика». Дионисий же ту росу «отираше и смочиша два полотенца», — повествует «История о первом Патриархе Иове».81 В момент же самого погребения лицо святителя, как передает тот же документ, «бысть светло, яко живу ему сущу».82: