Первые проблемы начинаются еще на уровне взаимодействия с бактериями. Если можно сказать, что антитела наиболее активны против микроорганизмов, свободно находящихся в крови или тканях, то иммунный ответ, реализуемый клеточными механизмами, имеет дело с микроорганизмами, проникшими в клетки. Какой из механизмов окажется эффективным, во многом зависит от поведения микроорганизма. При этом иммунная система высокоэффективна в распознавании чужеродных субстанций, но совершенно беспомощна в определении степени опасности, которую они могут представлять для организма. Отсюда — нежелательные побочные эффекты, например избыточный иммунный ответ против чужеродной, но не болезнетворной структуры, такой, как пыльца растений или банальная домашняя пыль. Выражается этот избыточный ответ в разнообразных аллергических реакциях.
Большая часть бактерий уничтожается в организме в результате фагоцитоза. Бактерии, в отличие от более высокоорганизованных организмов (от грибов до человека), являются прокариотами, поэтому их молекулы чужеродны для человека в большей степени, чем молекулы эукариотов (грибы, простейшие, гельминты). Иммунной системе человека в какой-то степени «проще» реагировать на бактерии, чем на «более развитых» паразитов. Пожалуй, самое совершенное вещество, действующее на бактерии и безвредное для клеток хозяина, — естественный антибиотик лизоцим, присутствующий у нас в слюне. По крайней мере он являлся таковым до наступления эры антибиотиков, которые, как и лизоцим, открыл А. Флеминг.
Грибы — свободноживущие организмы, человеку угрожают очень немногие из них. В основном грибковые инфекции довольно безобидны. Однако некоторые грибы, обычно проникающие в виде спор через легкие, могут вызывать серьезные системные заболевания. В зависимости от степени и типа иммунного ответа развивается интенсивная реакция гиперчувствительности и происходит быстрое фатальное распространение гриба по всему организму хозяина или заболевание ограничивается поражением легких. Только в редких случаях, связанных с подавлением иммунных сил организма (СПИД, иммуносупрессия после операций трансплантации т. п.), развиваются системные микозы — распространенные грибковые заболевания с формированием очагов во всем теле (легких, печени, мозге). За все время врачебной практики автору довелось лишь один раз наблюдать подобный случай — на фоне наркомании. При этом больной, погибший от грибкового абсцесса мозга (противогрибковые препараты современной медицины туда просто «не добираются» — мешает барьер между кровью и нервной системой) демонстрировал настолько похожее на СПИД сочетание симптомов, что его поступление в стационар и его смерть стали поводом для двух клинических конференций.