Угличане небезосновательно полагали, что московское правительство, руководившее страной от имени слабоумного царя Федора, побаивается царевича и стремится его «извести». Покушение было вполне возможным. Отсюда и реакция.
Вечером 19 мая, через четыре дня после гибели Дмитрия, в Углич прибыла следственная комиссия из Москвы. Состав ее был таков: секретарские обязанности исполнял дьяк Елизарий Вылузгин, патриарха представлял митрополит Геласий, от двора в нее входил окольничий Андрей Клешнин, который одновременно являлся как ставленником Бориса Годунова, всемогущего фаворита царя Федора, так и родственником пострадавшей стороны – бояр Нагих. Глава следственной комиссии – князь Василий Шуйский. Эта фигура будет ключевой в расследовании.
Василий Иванович Шуйский, один из самых влиятельных бояр конца XVI – начала XVII веков. Его взлеты и падения связаны с борьбой за власть с другим фаворитом Ивана Грозного – Борисом Годуновым. Утвердив в качестве главы следственной комиссии версию о нечаянном самоубийстве царевича Дмитрия, Шуйский продемонстрировал лояльность правящему режиму. Позже, став в 1606 г. московским царем, именно он объявил Годунова убийцей Дмитрия. В 1610 г. Шуйский был свергнут с престола и насильственно пострижен в монахи. Умер в польском плену.
Следствие велось прямо у стен царского терема; свидетелей опрашивали публично. Главные очевидцы – кормилица и мамки, а также мальчики, с которыми играл царевич, утверждали: с царевичем во время игры случился приступ эпилепсии и он порезал себе шею ножом. Вот что показывала, например, Василиса Волохова: «А играл царевич ножиком, и тут на царевича пришла опять та ж черная болезнь, и бросило его о землю, и тут царевич сам себя ножом поколол в горло, и било его долго, да туто его и не стало. А и преж того та ж над ним болезнь была падучий недуг, и он поколол сваею и матерь свою царицу Марью. А в другой раз царевич объел руки Андрееве дочке Нагого».
Материалы следствия доказывали: именно Нагим нужно отвечать за убийство представителей московской администрации. Накануне приезда комиссии они даже решились на авантюру – подбросили к трупам убитых оружие, предварительно зарезав им курицу, чтоб остались следы крови. Однако один из участников этого обмана во всем признался на следствии.
В результате своей деятельности комиссия пришла к однозначным выводам – царевич погиб в результате несчастного случая, мятеж и убийство должностных лиц были абсолютно противоправны, виновные подверглись репрессиям и ссылкам. И даже угличский колокол, созывавший набатом горожан на восстание, сослали в Тобольск, отрезав ему язык.