Через несколько недель после подписания договора американский и филиппинский патрули вступили в перестрелку на окраинах Манилы. Началась филиппино-американская война, которая продлилась сорок один месяц. Этот военный конфликт остается самым малоизвестным в американской истории. За время войны Соединенные Штаты потеряли более четырех тысяч солдат. Филиппины потеряли в пять раз больше солдат. Кроме того, более ста тысяч гражданских лиц на островах умерли от голода и болезней. 4 июля 1902 года президент Теодор Рузвельт объявил об окончательной победе, и Филиппины стали американской территорией, хотя стычки и столкновения продолжались еще много лет. Жестокость американских солдат была вычеркнута из истории. Министр обороны в правительстве Рузвельта поздравил военных с завершением «гуманной войны», несмотря на «жестокие провокации» со стороны «коварного врага».
В последующие тридцать лет в Соединенные Штаты хлынул поток иммигрантов с Филиппин. Большая их часть осела в Калифорнии и на Гавайских островах. В то же время сформировались взаимовыгодные торговые отношения между двумя странами. Американцы особенно ценили твердую древесину — так Эрл Уолтер-старший оказался во главе лесозаготовительной компании на Минданао. Но для многих филиппинцев Соединенные Штаты так и не стали любимой родиной. Антифилиппинские настроения были очень сильны. На филиппинцев нападали, по закону они не имели права владеть землей. По законам западных штатов филиппинцам было запрещено вступать в браки с белыми женщинами. Экономические возможности ограничивались работой на полях, в сфере обслуживания, ручного труда, а также на фабриках и заводах.
Борьба за независимость на Филиппинах не прекращалась ни на минуту. В 1934 году президент Франклин Д. Рузвельт подписал закон о десятилетнем переходном периоде, в конце которого на Филиппинах должна была сформироваться демократия по американскому образцу. До этого времени иммиграция с островов жестко ограничивалась. Закон о репатриации вынудил многих филиппинцев, живших в Соединенных Штатах, вернуться на острова.
А потом наступило 8 декабря 1941 года. Через день после Перл-Харбора Япония совершила неожиданное нападение на Филиппины с воздуха и моря. Центром вторжения был остров Лузон. Уступавшие в численности филиппинские и американские войска под командованием генерала Макартура быстро отступили на полуостров Батаан и остров Коррехидор на входе в Манильский залив. Окончательно американско-филиппинские войска сдались в апреле 1942 года. Именно тогда полковник Рэй Элсмор помог Макартуру бежать в Австралию, где и разрабатывались планы войны за Филиппины. Остальным американцам и филиппинцам повезло меньше. Им пришлось пережить марш смерти на Батаане и все ужасы оккупации.