«Пророчество», в которое было трудно сразу поверить, вызвало у Герцена тяжелые сомнения: может быть, «что-то ошибочное сделано».
После провала экспедиции, гибели А. А. Потебни, нарушения связи с руководителями «Земли и воли» Герцен все больше убеждался в слабости тайной организации, на которую сильно рассчитывали Бакунин с Огаревым в своих надеждах на русскую революцию. Расхождения с Огаревым обозначились так резко, что Герцен с болью в сердце решил ему написать.
Двадцать девятого апреля 1863 года он объяснял другу свою позицию: их сила, их дело — «бескомпромиссная пропаганда в „Колоколе“». «Веря в нашу силу, — писал Герцен, — я не верю, что можно произвести роды в шесть месяцев беременности, а мне кажется, что Россия в этом шестом месяце. <…> Дай мне не готовую силу, а дай ощупать живой зародыш, — конечно, живой зародыш носится в общем состоянии: носится в гении народа, в направлении литературы, в реформах и пр. — но где он до той степени сложился и обособился, как… ты находишь в „3[емле] и в[оле]“? Я этого не вижу».
В «обвинительном» письме Бакунину от 1 сентября 1863 года Герцен жестко выговорил ему за всё: за ошибки в польском деле, за беспочвенную болтовню, погубившую не одного человека, за неумение «не выдать тайны», за нескрупулезность в финансах, «с долей тихенького, но упорного эпикуреизма и с чесоткой революционной деятельности, которой недостает революции», за чрезмерные, несправедливые нападки на Сашу… Конечно, виноваты все. Но от многого он ведь предостерегал.
Скрепя сердце Герцен должен признать в этом частном письме, что польское дело — «не наше дело — хотя и правое относительно», что польский союз был невозможен, но и любые попытки остановить друга тоже были излишни. «Ты брат — стихия, — обращался он к Бакунину, отношения с которым и после таких серьезных обвинений еще не разорваны, — солому ломишь, как тебя остановить?»
Русские еще приезжали к Герцену. Но слышались все чаще упреки и сетования за поддержку Польши. Он, по свидетельству Тучковой, «отвечал резко, что гуманность — его девиз, что он всегда будет на стороне слабого и что он не может ценой неправды купить сочувствие соотечественников». Забыть историю с расстрелом мирной польской демонстрации в светлый день празднования освобождения крестьян Герцен никак не мог.
К концу 1863 года стало совершенно ясно, что ждать в России революционного подъема нечего. Даже самоликвидация «Земли и воли» в марте 1864-го ни в чем не убедила Бакунина и Огарева, не остановила их продолжающейся активности. Для них открывались новые горизонты борьбы. На политическую арену вместо «старой», дворянской эмиграции пробиралась «новая», «разночинная», отличавшаяся не только своим социальным происхождением, манерой жить и мыслить, но, в конце концов, неприятием устаревших, как они настаивали, идей Герцена и К°. Герцен оставался один.