В ходе споров на глазах у присутствующих делегатов завязалась перестрелка между махновцами и григорьевцами, в которой Григорьев был убит.
Бывший член махновского штаба Алексей Чубенко, арестованный впоследствии ГПУ, утверждал, что рядовые махновцы были недовольны союзом с Григорьевым, которого они обвиняли в связи с деникинцами, и требовали, чтобы Махно покончил с этим контрреволюционером. На съезде повстанцев Чубенко выступил с обвинениями против Григорьева: «Сначала я ему сказал, что он поощряет буржуазию… Затем я ему напомнил, что он оставил у одного помещика пулемет, два ящика патронов, несколько винтовок и 60 пар черных суконных брюк… Потом я ему сказал, что он действительно союзник Деникина и не хотел наступать на Плетеный Ташлык, так как там были шкуровцы…
Григорьев стал отрицать, я ему в ответ: «А кто же и к кому приезжали офицеры, которых Махно расстрелял?» Как только я это сказал, то Григорьев схватился за револьвер, но я, будучи наготове, выстрелил в упор в него… Григорьев крикнул: «Ой, батько, батько!» Махно крикнул: «Бей атамана!» Григорьев выбежал из помещения, а я за ним и все время стрелял ему в спину. Он выскочил на двор и упал. Я тогда его добил. Телохранитель Григорьева выхватил маузер и хотел убить Махно, но Колесник стоял около него и схватил его за маузер… Махно в это время забежал сзади телохранителя и начал стрелять в него».
Тот же Чубенко признавал, что решение убить Григорьева было принято ранее съезда на его (Чубенко) квартире. А начальник махновской контрразведки Лева Задов (Зиньковский) так комментировал причину убийства атамана: «Он мешал, и батько приказал его снять».
После убийства Григорьева Махно распорядился оцепить и разоружить его войска, которые в основной своей массе затем присоединились к махновцам…
Так закончилась авантюра атамана Григорьева. Махно сформировал из своих отрядов и присоединившихся к ним григорьевцев новые вооруженные силы численностью около 15 тысяч бойцов. Можно предположить, что убийством Григорьева — вожака контрреволюционного мятежа — Махно, кроме всего прочего, надеялся восстановить свою репутацию «революционера». Но главным побудительным мотивом его действий было все же желание присоединить григорьевские отряды к своему войску, усилить его для осуществления главной стратегической задачи — защиты «вольного безвластного» района, к провозглашению которого Махно так стремился.
Весной и летом 1919 г. происходило решающее перераспределение ролей среди армий контрреволюции. Терпящая поражения армия Колчака уже не представляла такой опасности, как белогвардейское войско Деникина, которому Антанта усилила помощь. В середине мая деникинцы начали новое наступление против Красной Армии. В июне они захватили весь Донбасс, Донскую область, Крым. 24 июня пал Харьков. В первой половине июля деникинские войска уже вплотную приблизились к центральным районам Советской Республики.