Пытался Хрущев заставить руководство Узбекистана активно культивировать в республике и кукурузу. Он поручил Рашидову засеять ею 600 тысяч гектаров земли. Тот в ответил заявил, что в таком количестве ее в республике не засеять — придется урезать поливные земли. Хрущев продолжал настаивать, но Рашидов упирался. В итоге Хрущев пришел к выводу, что Рашидов не тот человек, на которого можно было положиться в тех реформах, которые он собирался и дальше проводить в стране. Впрочем, так было не только с Рашидовым. К концу своего правления у Хрущева испортились отношения практически с большинством республиканских руководителей.
Отношения с Рашидовым стали портиться у Хрущева примерно за год до его отставки. Хозяину Кремля не нравилось, что узбекский лидер чуть ли не демонстративно стал показывать ему, что у него есть собственная точка зрения на многие события внутренней жизни страны. Однако снять его с должности Хрущев никак не решался, поскольку дела в республике явно спорились. Уверенная поступь его республики придавала Рашидову дополнительные силы в его непростых взаимоотношениях с Хрущевым. В иных случаях хозяин Узбекистана чуть ли не в открытую бросал вызов хозяину Кремля, как это было, к примеру, в случае с известным писателем Валентином Овечкиным, который незадолго до этого попал в опалу к Хрущеву. Отметим, что это был не первый опальный литератор, которого «пригрел» у себя Рашидов. Первым был Константин Симонов, которого еще в 1959 году выслали из Москвы. Пристанище он нашел в Ташкенте у Рашидова. В том же годы журнал «Звезда Востока» начал публикацию лучшего романа Симонова «Живые и мертвые». Это была едва ли не самая первая публикация романа в Советском Союзе.
История с Овечкиным не могла укрыться от внимания Москвы. Тем более, что сам Рашидов и не стремился ее скрыть, а даже более того — совершал и вовсе демонстративные поступки. Так, в июне 1964 года, когда Овечкину исполнилось
60 лет, Рашидов представил его к награждению орденом Ленина. Отметим, что сам юбиляр не верил в то, что эта затея удастся и даже пытался отговорить Рашидова от нее. Но тот его не послушал. Ситуация создалась весьма напряженная и в Москве какое-то время решали, как поступить. В итоге было выбрано компромиссное решение: Овечкина все-таки наградили, но вместо ордена Ленина вручили награду рангом пониже — орден Трудового Красного Знамени, при этом обязав Рашидова не публиковать информацию о награждении в республиканской печати.
Рашидов вынужден был согласиться с последним распоряжением, однако и здесь нашел способ бросить вызов Москве: провел торжественное заседание в честь юбиляра. Отметим, что последний всерьез полагал, что на него придут от силы десятка два самых смелых и преданных ему людей, однако зал оказался заполнен до отказа. Все это было свидетельством того, что и сам Рашидов, и большая часть узбекской элиты не только не уважают Хрущева, но уже не слишком и боятся его необузданного нрава.