Петр Ильич относился к Балакиреву с уважением и признавал его музыкальный талант. Когда вследствие очередных проявлений характера в борьбе за свои принципы Милий Алексеевич был отстранен от дирижерства концертами в Русском музыкальном обществе, Чайковский, не задумываясь, выступил на его защиту с горячим протестом, хотя был хорошо осведомлен, что главную роль в отстранении Балакирева играла великая княгиня Елена Павловна и, стало быть, протест его задевал царскую семью.
Личные отношения между Чайковским и Балакиревым складывались начиная с 1868 года. Из переписки между композиторами ясно проглядывают их характеры. Петр Ильич, изящный и деликатный, нигде не переступает той границы, за которой в откровенных выражениях может проявиться оттенок дерзости. Милий Алексеевич прям, непосредствен и нисколько не стесняется поругать то, что ему представляется плохим или даже не совсем удачным. Правда, обнаружив мягкость своего коллеги, он все-таки кое-где нашел нужным сдержать свою горячность. Безбожно разделав фантазию Чайковского "Фатум", которой сам только что отдирижировал, он призадумался и отложил грозное письмо. Оно пролежало у него две недели, после чего Милий Алексеевич сочинил другое, тоже жестковатое но несравнимо более сдержанное. В данном случае (и даже в первом ругательном письме) он был, по существу, прав и Петр Ильич с ним согласился, хотя и намекнул, что не плохо было бы хоть что-нибудь и слегка похвалить.
Резкость тона Милия Алексеевича несколько коробила Петра Ильича, и он жаловался брату Анатолию, что сойтись с Балакиревым душа в душу он не может, хотя человек он хороший. Несмотря на эти шероховатости, как раз летом 1869 года Балакирев предложил Чайковскому написать; увертюру "Ромео и Джульетта", и под гипнотическим взглядом вдохновителя "Могучей кучки" Петр Ильич не смог отказаться. Увертюра была сочинена. Но, получив от Чайковского только главные темы увертюры, Балакирев поспешил нанести по ним свой удар. Посторонний человек, не знающий Балакирева, принял бы его оценку эскизов к "Ромео и Джульетте" скорее за разгром, чем за критику, а Петр Ильич, уже хорошо познавший стиль музыкального вожака, нисколько не обиделся и сумел рассмотреть в его оценке явное одобрение.
Вскоре Милий Алексеевич, испытавший несправедливые гонения и житейские невзгоды, пережил глубокий душевный кризис и отошел от активной музыкальной деятельности. От прежнего его свободомыслия и энергии борца ничего не осталось. Он углубился в религию и мистику. Поведение и образ жизни его сделались столь странными, что среди его друзей даже ходили слухи, что он вообще стал душевнобольным. Переписка с Чайковским прервалась на десять лет.