В декабре 1996 года ВВС объявили, что стоимость работ над истребителем, оцениваемая в 14 миллиардов долларов, может возрасти еще на полтора миллиарда. Таким образом, цена одного серийного самолета составит 72 миллиона долларов против 32 миллионов, заложенных в первоначальные планы, однако эксперты Конгресса называли уже совершенно астрономическую сумму: порядка 100 миллионов долларов! Наиболее радикальная часть политиков полагала, что лучшим выходом из создавшегося положения для ВВС было бы «волевое» решение о полном отказе от закупки «F/A-22».
Возражая критикам программы, ее сторонники утверждали, что лишь 30 из 267 насчитывающихся в мире государств не располагают зенитно-ракетным оружием, а ряд государств «третьего мира» (в том числе враждебно настроенных к Америке) вскоре обзаведутся самолетами типа «Су-27» и «МиГ-29», способными успешно бороться с лучшими американскими истребителями. Значительно возрастет и число стран, располагающих самолетами второго и третьего поколений, прошедших глубокую модернизацию. В этих условиях для сохранения американского военного превосходства потребуется принципиально новый боевой самолет.
Благодаря усилиям Пентагона и авиапромышленного лобби «F/A-22» удалось сохранить. В конце 1996 года постройка первого опытного истребителя была завершена. Однако начало летных испытаний по техническим причинам постоянно откладывалось. Так, первый вылет опытной машины планировалось осуществить в январе 1997 года. Позже его перенесли на май. Тогда же стало известно, что новый истребитель получил и официальное наименование «Raptor».
За несколько дней до объявленной даты первого полета возник ряд непредвиденных осложнений. Потек топливный бак, расположенный непосредственно за кабиной летчика. Позднее выявили серьезный дефект во вспомогательной силовой установке истребителя. Сообщалось, что не всё в порядке и с программным обеспечением бортовых компьютеров. В результате было принято решение о приостановке испытаний «F/A-22». Его первый полет состоялся лишь 21 сентября 1997 года.
Поскольку истребитель оказался очень дорог, перспективы по закупкам его не внушали оптимизма. В этих условиях ВВС стали искать пути удешевления программы. Наиболее простым решением явилось бы упрощение, связанное с исключением ряда систем и снижением боевых характеристик. Однако ВВС и так многим поступились: взлетно-посадочные характеристики самолета далеки от начальных требований и фактически не отличаются от «F-15»; бортовая радиолокационная станция лишилась боковых антенных решеток, что ограничило обзор; сокращен состав средств радиоэлектронной борьбы и систем связи. Всё это опускает «Raptor» на уровень машин предыдущего поколения.