Работы в бюро Микояна начались одновременно по двум направлениям: проект тяжелого двухдвигательного многофункционального фронтового истребителя «МиГ-МФИ» (или проект «512», на более поздних этапах его нередко обозначали как изделие «5.12») и проект легкого однодвигательного фронтового истребителя «МиГ-ЛФИ» (или проект «412», изделие «4.12»). При этом предполагалась максимальная унификация этих самолетов.
Представленные к защите аванпроекты самолетов ЛФИ и МФИ были положены в основу эскизного проектирования. Из-за трудностей одновременного финансирования разработок двух самолетов было решено сконцентрировать усилия на проектировании «МиГ-МФИ».
Еще до защиты эскизного проекта, в 1986 году, были выпущены первые рабочие чертежи, проводились исследования в аэродинамических трубах и на крупномасштабных управляемых моделях, сбрасываемых с вертолета. Испытания моделей были тщательно засекречены и осуществлялись в строго отведенное время с учетом пролета американских спутников. Кроме того, с той же целью сбрасываемые модели окрашивали в желто-зеленый, камуфляжный, цвет. По воспоминаниям одного из очевидцев этих испытаний, «…подбирать их [модели] предписывалось в считанные минуты после приземления». Вся информация об испытаниях поступала в бюро, по итогам ее изучения облик нового самолета корректировался.
В процессе испытаний моделей выявились некоторые технические проблемы. К примеру, стало ясно, что эксплуатация будет очень сложна из-за невозможности использования стандартных оборудования и приспособлений для подвески ракет. В итоге конструкторы остановились на более «традиционном» способе размещения грузоотсека, еще раз поменяв компоновку. Пришлось пожертвовать и радиолокационной «невидимостью» – некоторые нововведения увеличивали так называемую эффективную поверхность рассеивания, а не снижали ее.
Тем не менее, согласно расчетам, по уровню боевой эффективности самолет «МиГ-МФИ» превосходил американский истребитель «F/A-22» («Raptor») и все аналогичные европейские проекты.
В 1991 году удалось успешно защитить эскизный проект истребителя, после чего начался выпуск чертежей и производственной документации. Для анализа особенностей аэродинамической компоновки, силовой установки, комплексной системы управления, а также определения эффективной отражающей поверхности самолета «МиГ-МФИ» было решено построить экспериментальный прототип, получивший шифр – изделие «1.44».
Распад Советского Союза фактически повлек за собой развал национальной промышленности, что в итоге отрицательно сказалось на работе почти всех авиационных предприятий. Постоянное изменение структуры «микояновской фирмы», ее переподчинение и смена руководителей не могли не отразиться на военных программах, в том числе на программе МФИ. После 1992 года финансирование работ по теме значительно снизилось. В течение нескольких лет у бюро даже не было свободных средств, чтобы оплатить недостающие рулевые гидроприводы, что, в свою очередь, не позволяло приступить к летным испытаниям практически построенного опытного самолета. Тем не менее опытному производству АНПК «МиГ» удалось построить макет самолета «1.44», элементы планера для статических испытания и совместно с серийными заводами создать задел для постройки опытных образцов.