В начале XVI века прусский Тевтонский орден превратился в светское Прусское государство, вассальное Польше. А ливонский филиал Тевтонского ордена продолжил существование под названием «кавалерский тевтонский орден в Ливонии».
Во главе Ливонского ордена стоял пожизненно избираемый магистр с резиденцией в Риге или Вендене (Цесисе). Он правил при помощи совета из 5–6 чиновников. К высшим чинам ордена относились братья, полубратья и священники, числом в несколько сотен.
Непосредственно Ордену принадлежало 50 замков (из общего числа 150 ливонских замков), которыми управляли комтуры и фогты. Они отчитывались перед ежегодными собраниями (capitula) высших чинов ордена. Магистру принадлежала половина города Рига. Вторая половина Риги была владением архиепископа Рижского. Власть епископов дерптского, ревельского, эзельского, курляндского была не только духовной, но и светской.
Во время господства Ордена происходило активное заселение Прибалтики немецкими колонистами. Немецкие светские феодалы садились на земли Ордена и духовных владык как вассалы, на ленном праве, под условием несения военной службы. Крупные портовые города, во владениях Ордена, были членами немецкого ганзейского союза, имевшего монопольные позиции в торговле на Балтике и Северном море.
Орден выходил на войну с войском, в котором были орденские братья с отрядами вооруженной челяди (кнехты) и вассальные рыцари, которые приводили военных слуг и мобилизованных крестьян. С конца 14 века использовались отряды немецких наемников.
Начиная с 1520-х в Ливонии шла реформация. В результате, часть горожан перешла в лютеранство. А рыцари вышли из ленной зависимости от ордена и епископов и превратили условную земельную собственность (лены) в полную частную. Это сопровождалось расширением барщинного хозяйства и ростом вывоза сельскохозяйственной продукции на экспорт, благо у Ливонии имелось немало удобных портов — Нарва, Ревель, Рига.
Эстонцы и латыши были крепостными крестьянами на господской земле и подвергались национальному гнету, культурно-языковой ассимиляции. Все виды угнетения, надо заметить, осуществлялись с немецкой обстоятельностью — так что и несколько сот лет спустя сентименталист Карамзин находил эстляндских и лифляндских крепостных чрезвычайно покорными, дисциплинированными и работящими. Верхушка ливонских городов была полностью немецкая, в составе городского плебса преобладали выходцы из нижней Германии и германизированные прибалты.
Несмотря на внутренние конфликты, порожденные реформацией, Ливония не была легким противником для Руси. То, что она просуществовала до 1560 — ведя борьбу против Новгородского и Псковского княжеств, а затем и Московской Руси — показывает, что ее силы были не столь уж скромны.