Следователи-бояре подошли к делу сознательно и не стали тратить время зря, на скучную розыскную работу. 26-го июня они «приехали к Пречистой к соборной на площадь» и незатейливо спросили толпу: «хто зажигал Москву». Заранее подученная толпа с готовностью закричала: «княгиня Анна Глинская з своими детми и с людми влховала», она, дескать «сорокой летала да зажигала».[13]
Затем московская чернь (как и во все времена легко поддающаяся самым нелепым слухам) растерзала князя Юрия Глинского. По одним сведениям это произошло в церкви Пречистой богородицы, по другим князь Юрий находился вместе с боярами на площади, не догадываясь о той участи, которую ему готовят оппоненты. Вслед за князем Юрием было убито и множество других людей — тех, кого приняли за сторонников и слуг Глинских.
Через два дня после линчевания Юрия Глинского толпа пришла в село Воробьево, к царскому дворцу, и потребовала, чтобы государь выдал им на расправу свою бабушку, княгиню Анну Глинскую и сына ее, князя Михаила, которые, по мнению гостей, прятались в царских покоях. Вместе с ними пришел и городской палач, очевидно готовый немедля сделать свою работу.
Фактически произошло слегка закамуфлированное покушении на членов царского дома, что не укрылось от проницательных современников. Летописец называет имена организаторов «народного возмущения» — всё тех же бояр, что были задействованы в сыске, и благовещенского протопопа Бармина. Наверное, не все организаторы бунта пытались поставить под удар самого великого князя — зачем это Захарьину, родственнику царицы? Однако среди них, наверняка, находились люди, которые могли иметь далеко идущий план действий, направленный на уничтожение царя и его семьи в атмосфере «управляемого хаоса», так сказать, под шумок. К ним могли относиться и Федор Скопин-Шуйский, и князь Юрий Темкин, и Иван Федоров-Челяднин — люди, близкие клану Шуйских.
Очевидно, что, покажи Иван слабость, то буйство толпы было бы направлено непосредственно на него. Но молодой царь, проявив самообладание, поступил единственно правильным образом — приказал схватить главарей толпы. Никаких массовых расправ не было. «Князь же великий… узрев множество людей, удивися и ужасеся, и обыскав, (по чьему) повелению приидоша (они), и не учини им в том опалы, и положи ту опалу на повелевших кликати», остальные же могли беспрепятственно вернуться в Москву.
По мнению И. Я. Фроянова, срежиссированное бедствие 1547 снова подняло наверх олигархическую группировку, связанную с Шуйскими. К ней относился и поп Сильвестр. Благовещенский протопоп Федор Бармин, отличившийся в борьбе с ведьмами а-ля инквизиция, служил в одном соборе вместе с Сильвестром.