Не успела Екатерина «восстановить» мир и отправить сына Генриха править Польшей, как истек срок, отведенный «зеркалом» Франциску II. Королева-мать не пожелала отдать трон амбициозному и вечно недовольному герцогу Алансонскому и Анжуйскому. Она сохраняла его для любимого сына Генриха, который, решив править самостоятельно, допускал один просчет за другим. Дошло до войны между родными братьями, не говоря уже о короле Наваррском. Генрих III пытался показать свою власть, Екатерина спешила исправить его ошибки, используя свой авторитет и государственную казну. В течение полутора лет 60-летняя королева колесила по стране в попытках разрешить проблемы и спасти род Валуа. Силы она растрачивала впустую. К 1585 г. в живых оставались только Маргарита Наваррская и Генрих III, ненавидевшие друг друга.
Власть Валуа подтачивали Гизы, они образовали фанатичную Святую Лигу. Постаревшая, страдающая от многочисленных болезней, королева не могла спасти авторитет сына, который то предавался чрезмерным удовольствиям, то впадал в депрессию и крайнюю религиозность. Во время пятой гражданской войны, пришедшейся на время ее правления, Екатерина взвалила на себя обязанности военного интенданта, во время осады Парижа следила за строительством фортификационных сооружений, организовывала разведку. В мае 1588 г. королевское правительство было свергнуто, Генрих III в страхе бежал, оставив мать и свою жену заложницами у Гизов. Королева сумела сохранить свое достоинство во время переговоров. Она с болью пережила отставку правительства, которое сама создавала, позор сына, который хотя и остался на троне, но королем в полном смысле слова не был.
15 декабря 1588 г. Екатерина слегла с сильным воспалением легких. Напоследок сын «порадовал» мать коварным и зверским убийством герцога де Гиза. Она поняла, что династия Валуа лишилась королевства. 5 января 1589 г. королева, которая в течение 28 лет, спасая семью, сумела сохранить и единство нации, скончалась. Бедняки шептались: «У нас больше нет королевы-матери, которая даст нам мир».
Шли годы. «Добрые» короли сменялись на престоле, и личность Екатерины Медичи обрастала зловещими подробностями: отравлениями, колдовством, убийствами неугодных. Многие забыли, что, по свидетельству современников, под ее черными одеждами скрывалась привлекательная жизнелюбивая женщина, с незаурядным характером и веселым темпераментом, с изящными манерами и строгим умом. Она с удовольствием устраивала празднества и строила дворцы (Тюильри, Суассонский отель), разбивала прекрасные парки и много читала, легко разбиралась в чертежах и сметах. Ее личная библиотека насчитывала 4500 томов, а при дворе королевы были «штатные» поэты и художники. Екатерина покровительствовала искусствам, прививала изящество манер придворным, и королевский двор при ней прославился на всю Европу. История ее царствования — это часть истории Франции.