В апреле 1856 г. Цыси родила наследника китайского престола Тунчжи. Наложница стала центром внимания и восхваления со стороны придворных, но для нее важнее было внимание, которое ей уделял сам император. Он понял, что эта женщина очень умна и способна, и передавал ей все больше своих полномочий. Это был период, когда Китай начал терять многовековую традицию изолированности от внешнего мира. Французы и англичане приезжали туда как торговцы и привозили новые идеи, которые провоцировали антимонархическое движение в некоторых частях страны. Больше всего бунтовщиков было в городе Тайпын.
В ответ на проникновение иностранцев Цыси перевела двор в горы, окружающие Пекин. Она приказала публично рубить головы всем захваченным мятежникам, организовав кампанию террора против европейских торговцев и христианских миссионеров. Иностранцев запугивали, их лавки сжигали, а если они и после этого не уезжали, то рисковали головой. Цыси была намерена сохранить древние традиции феодального Китая и, конечно же, власть и богатство монархии. Она считала, что присутствие иностранцев угрожает национальной самобытности Китая, и была убеждена в необходимости их изгнания из страны.
Когда в 1861 г. Сяньфэн умер, его вдова и Цыси получили права регентов. Хотя власть должна была в равной степени принадлежать обеим, вдова императора, которую мало интересовала политика, с готовностью предоставила подруге возможность управлять государством. Однако такое положение устраивало далеко не всех. Не обошлось без заговора с целью убийства регентши-наложницы. Цыси ответила на это быстро и жестоко, приказав обезглавить около 500 заговорщиков.
Сын Цыси, который должен был стать императором, как только ему исполнится 17 лет, рос в довольно необычной обстановке. С юных лет Тунчжи пристрастился к разнузданным оргиям в притонах Пекина и познал все сексуальные извращения на практике. Когда молодой человек достиг совершеннолетия, Цыси издала декрет, в котором говорилось, что ее регентство окончено и начинается правление ее сына. У юноши была невеста, но мать относилась к его женитьбе отнюдь не благосклонно, опасаясь соперничества со стороны будущей невестки. Однако он пошел ей наперекор.
Вскоре после издания декрета о передаче власти император Тунчжи внезапно умер от оспы. Ходили слухи, что Цыси убила собственного сына, заставив евнуха после еды обтереть губы императора зараженным полотенцем. Эта версия выглядела весьма правдоподобной.
Конечно, Цыси вновь объявила себя правительницей Китая. Но тут выяснилось, что жена Тунчжи беременна. Это привело свекровь в бешенство. Если бы невестка родила наследника, он имел бы право со временем занять трон. Тогда Цыси приказала евнухам избить молодую вдову, чтобы вызвать выкидыш. Спустя три месяца несчастная покончила с собой. Никто не сомневался в причастности Цыси и к этой трагедии.